自然状态下，DNA水平上的mutation的发生是随机的。但作为基因的功能DNA模块，自然状态下，短期内发生能改变其功能的非同义突变随机发生的几率不大。自然突变由自然选择决定其保留与否(根据这种突变对该物种生存的利弊平衡)，然而谁说经历自然突变的某食物(比如某种果子)就一定对人物无害?这完全是两个概念。Breeding出来的品种，严格意义上不算狭义上的转基因。一般的转基因食品，主要指转入一些抗虫，抗病基因的经济类农作物加工后的食品。对人体是否有害，目前没有定论，是因为很难进行大规模长期有针对性的临床试验。理论上，某些转入经济作物体内的抗虫基因，对某些pest有特异性毒性，对人体是否有毒性，取决于人类是否有和目标pest基因同源的基因，同源性有多大。
至于人肠道对食物的吸收，这是一个更复杂的问题。因为肠道吸收不是单纯的人体自身器官作用，而是肠道和肠道菌落共同作用的结果。不要说转基因食品，一般的食物，都有可能打破肠道菌落的共生平衡。转基因食品可能带来的额外风险，是外源基因在肠道菌落中横向转移。如果说吃转基因食品的风险比吃一半食物高，可能性在于加入经济性植物的外源性基因，一般都经过修饰，使其有被增强的保守性。那么在消化道内，外源基因横向转移的风险是不能排除的。
总而言之，转基因食品在目前的研究手段下，是不能排除安全风险的。
