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科學與宗教形成對立始於18世紀的啟蒙運動時期。以啟蒙運動思想家猛烈批評天主教統治的中世紀為標誌。但是，當時的科學家並沒有加入這種批判。直到19世紀，一些科學家才開始對宗教表現出敵意。

提到中世紀，人們頭腦中立刻浮現出的形容詞無非是“黑暗、蒙昧”，幾乎一無是處。

一般認為，歐洲歷史上的中世紀指的是從西羅馬帝國滅亡(公元476年)到文藝復興時期(公元1453年)為止。由於封建割據和頻繁的戰亂，這段時期歐洲科技和生產力水平低下，文明發展緩慢。另外，天主教內部的專制腐敗也比較嚴重。因此，在17、18世紀啟蒙運動中的康德和伏爾泰的作品中，把這段時期稱作“黑暗時期”。

不過，天主教的改革者從一開始就不同意這種說法，在他們眼中，中世紀是一個社會與宗教和諧的美好時期，不但不黑暗，而且充滿了光明。到了19世紀初浪漫主義運動興起，這段時期更被描繪為充滿了人與自然和諧相處的田園牧歌般的詩情畫意。

啟蒙運動思想家對中世紀的批判有點矯枉過正的傾向，自有其政治目的。新的歷史研究漸漸糾正了人們頭腦中固有的偏見。現在，很多歷史學家和思想家認為，只有中世紀初期才可以稱作真正的黑暗時代，而西方社會自11世紀開始就已經進入文化復興時代。因此真正稱得上“中世紀黑暗時期”的是從公元410年（或455年）到公元754年（或800年）。

天主教會對歐洲政治、文化的積極影響不容抹煞。德國歷史學家弗蘭贊在《聖教歷史》中寫道“天主教會是古代到中世紀歐洲文化繼承的唯一紐帶。”“歐洲在十九世紀重新發現了中世紀偉大光輝的成就。”“對此我們感到驚異，只有無知和成見才會堅持認為是黑暗的中世紀才會把愚昧和天主教聯繫在一起。”

美國學者斯塔夫里阿諾斯（Stavrianos）所著《全球通史》認為導致西方古典文明崩潰和進入黑暗的主要原因是日爾曼人、匈奴人、馬扎爾人等蠻族的入侵。但是正是這樣的入侵才使得西方古典文明被永久湮滅，從而被一種嶄新的文化所代替，使得“西方在近代跑到了世界的前列”。他所認為的黑暗時代是從公元五世紀到公元1000年左右。

美國威爾杜蘭（Will Durant）夫婦在他們所著的《世界文明史》中認為，基督教並沒有帶來羅馬帝國後期和中世紀初期的倒退，相反，基督教曾起了非常積極的作用。“文化後退的基本原因不是基督教，而是蠻族習俗；不是宗教，而是戰爭。蠻族入侵的浪潮毀滅或弄窮了城市、修道院、圖書館、學校，而使得學者或科學家無法從事其工作。如果不是基督教會在這個崩潰中的文明維持了某種程度的秩序，則其破壞性可能更為嚴重。”他們引用安布羅西的話說：“在世界的動亂之中，基督教會毫不受動搖；波浪不能撼動它。而在其周圍，每件事物都是陷入可怕的混亂，它向所有遭遇船難的人提供一個平靜的港口，使他們可以得到安全。”

德國思想家瓜爾蒂尼（Romano Guardini）在《現代世界的結束》一書中說：“時下一般看法中，中世紀不外乎是原始的天真與狂熱的想象的混合；有權勢的人張牙舞爪，在下的百姓則是怯懦卑屈。但是這種看法根本不合乎歷史實情。要公正地判斷一個時代只有一個標準：即問這個時代能讓人的尊嚴發展到怎樣的程度？唯有這標準永遠是公正的。所以，以任何時代的標準來看，中世紀的成就是宏偉的，它是人類歷史中最崇高偉大的時期。”

因此，從某種意義上說，所謂的“黑暗中世紀”實在是被啟蒙運動的思想家有意抹黑的。1784年康德在《什麼是啟蒙》一書中指出，啟蒙就是使人們脫離未成熟狀態，把人們從迷信或偏見中解放出來。啟蒙運動的倡導者認為啟蒙運動的目的是引導世界走出充滿着傳統教義、非理性、盲目信念、以及專制的黑暗時期。

不能不承認，天主教在其發展過程中，一些人為的清規戒律在一定程度上阻礙了科學的發展，壓抑了人性，中世紀甚至發生了許多迫害科學家的事件，比如布魯諾在火刑柱上被燒死。但是，如果人們不抱偏見來看這一段歷史，就不難發現，天主教在這一時期一直是社會穩定的中堅力量，並推動着人類文明的進步。

啟蒙時代的學者和文藝復興時代的學者相比有很大的不同，他們不再藉助於宗教來幫助文學和藝術復興，而是力圖以經驗加理性思考，使知識體系獨立於宗教的影響之外，從而建立自己的道德、美學和思想體系。這個時期的文化批評家、宗教懷疑論者、政治改革思想家聯合起來，猛烈批判封建的社會制度和政治制度，抨擊中世紀的神學教條，幻想建立一個合乎理性的社會和國家。

羅馬天主教會在啟蒙運動中受到了猛烈的批判。傳統的基督信仰受到哲學家和懷疑論者的攻擊。無神論的自然觀在法國的一小部分知識分子中成為一種時尚。 1882年，德國存在主義哲學家弗里得利希尼採在《快樂的科學》一書中宣稱：“上帝死了！”並且認為，“一切的價值都必須重新評估。”“我們的後人將生活在一個前所未有的更高尚的歷史之中！” 可惜的是，尼采的預言沒有實現，他們的後人不僅沒有生活在更高尚的歷史之中，反而在道德相對主義的影響之下一步步走向了墮落的深淵。

“活着的上帝”對整個西方文化，特別是對於西方人的道德靈性生活來說具有極為重要的意義。上帝在西方世界一直是人們的精神支柱、道德理想之終極寄託。如果上帝真的“死了”，人們就失去了與超驗領域的精神聯繫，一切與之相關的藝術和文學表達主題就將失去根基。而對於西方人來說，沒有價值基礎的道德生活簡直是不可想象的。

德國思想家韋伯曾提出了這樣發人深省的問題：在一個科學至上的新時代，道德價值的根據究竟是什麼呢？在這樣一個人類歷史前所未有的、既無上帝又無先知的當代環境中，我們學會了在上帝“缺席”的情況下生活了嗎？科學能夠完全代替上帝的角色嗎？答案是否定的。科學能夠告訴人們的僅僅是經驗事實，完全是中性的，無所謂對與錯。這就是所謂的工具理性的特徵。例如，科學可以告訴人如何治療疾病，也可以幫助人殺人；科學可以告訴人如何克隆人，但它不會告訴人應不應當克隆人。科學更不賦予人生以任何意義。

弗洛依德曾經說過：科學上的“重大發現”往往帶來對“人類尊嚴”的重大打擊。哥白尼的日心說把地球從“宇宙的中心”遷到了一個微不足道的角落，而達爾文的生物進化論則讓人們知道我們的祖先並不高貴，不過是一種猿。

完全掙脫精神枷鎖的現代人在獲得自由以後，突然發現找不到自己在宇宙中的地位了，於是惶惶然不知所以。哲學家們早就意識到了這個問題的嚴重性。康德就問，在嚴格受着由科學所提供的自然法則限制的世界上，人的自由、尊嚴和價值在哪裡？原來由上帝保證的東西，科學理性能夠提供嗎？當上帝被迫遜位，而理性卻不能登基的時候，人類就將面臨虛無主義的威脅。尼采就說，“我們越是培植起理性，也就越多地培植起虛無主義，我們也就越難以成為社會的忠誠一員。”

“上帝被迫遜位”後，人們在自由的生活中，道德狀況已經發生了重大變化，人們的歷史觀和道德評判標準也發生了巨大變化。美國政治哲學家施特勞斯指出，人們已經習慣於用“進步還是倒退”的區別取代了傳統社會的“好與壞”的區別。這在我們中國的意識形態中表現得最為明顯。“先進”和“落後”是一對反義詞。前者是褒義詞，後者是貶義詞。由於這種觀念深人人心，現代人常常忘記了“好與壞”的標準在邏輯上本應該先於“進步還是倒退”的標準，進步的不一定是好的，落後的也不一定就是壞的。只有先有“好與壞”的判斷標準才有可能判斷某一歷史發展變革究竟是人類的進步還是敗壞。可是，當這個“好與壞”的絕對標準被推翻後，人們已經找不到一種合適的判斷標準了。

當人失去了對上帝的信念以後，自然就失去了崇高向上的精神道德力量，於是專注於今生的情慾和眼前的物質享受。“我們吃喝快樂吧！因為明天就要死了。 ”（賽22：13）現代人的畢生追求及其成就感無不與賺錢消費活動緊密相關。隨着技術意識形態對現代社會全面的統治，人類的價值追求發生了深刻的轉變，傳統的價值如勇敢、忠誠、勤奮、節儉、誠信、責任感等越來越被“有用價值”所取代。發展經濟成了人類社會最主要的活動，經濟價值在人類整個價值體系中占據着最高地位。人的社會價值則取決於他受過什麼教育，從事什麼職業，掙多少錢；道德觀念在競爭規則中缺失，人們所推崇的成功者的特性無非是聰明、靈巧、狡詐以及嫻熟的操作技巧等等；而失敗者則往往是那些固守傳統道德、喜好沉思、謹小慎微、追求完美、或者身體有殘疾的人。