毛澤東時代對於知識分子的迫害，規模之大，程度之深，時間之長，可以說是空前絕後的，中國歷史上唯一能夠與之相提並論的就是秦始皇時代的焚書坑儒，但是毛認為自己比秦始皇厲害得多 (毛曾說過，秦始皇算什麼？他只坑了四百六十個儒，我們抗了四萬六千個儒。你罵我們是秦始皇，不對，我們超過了秦始皇一百倍)。事實也的確如此。

一般認為，毛對於知識分子的迫害主要緣於政治的原因。知識分子不似工農那樣易於狂熱和盲目服從，他們擁有知識願意獨立思考，喜歡提出異議，敢於為民請命據理力爭，這些特點都是對於中共政權的威脅，所以必須時刻防範並壓制他們。

但是實際情況好像並非如此。中共建政以後不久就發動了一波一波的運動，不斷整治知識分子，經過多次殘酷的思想改造，特別是1956年大規模反右和其後的嚴厲鎮壓，中國知識分子實際上已經被徹底打垮，老老實實地跪下來請求寬恕，再也沒有任何反抗的能力，遑論威脅中共政權了。

但是毛拒絕寬恕。在後來的文革中（雖然另有其他政治目標），仍然沒有放過知識分子，而這一次的打擊更是毀滅性的，不僅關閉所有學校集中批判全體教師，鬥倒斗臭不讓抬頭，而且驅趕大批專家學者大師權威住進牛棚進行勞動改造，甚至掃街挖糞充當勞役，知識分子墜入了社會的最底階層，人人可以得而辱之，幾乎像狗那樣低賤。對於一個早已低頭認罪請求寬恕的弱勢群體，仍然如此殘酷打擊幾欲置於死地，而且揚言七八年再來一次，想必不僅只是出於維護政權的考慮，而是另有其他原因。

社會邊緣人的概念或許可以解釋毛澤東的極端仇恨知識分子的作為。

作家余英時曾經指出，毛澤東可以說是集多種“邊緣”之大成的一個人：他出身於農村，但早年也沾到城市的邊緣；他沒有受過完整的學校教育，但也沾到了知識界的邊緣；他最熟悉的東西是中國的舊文史、舊小說，但又沾到了西方新思潮的邊緣；他在政治上最獨到的是傳統的權謀，但又沾到了“共產國際”的邊緣。

余氏的話大抵不錯，不過從青年時代的經歷來看，毛澤東主要還是一個中國知識分子階層的邊緣人。除了毛沒有受過太多的正規學校教育，學歷不高以外，當時西風東漸，主流知識分子大多具有西方社會科學知識，但毛始終喜歡古代歷史文化線裝小說，從中汲取權術之道，對外國興趣一直不大，而且毛氏也沒有出國留學和考察（當時十分流行），活動範圍始終囿於長沙一隅，少見世面，顯得孤陋寡聞，濃重土話也難與人溝通，這些都使青年毛澤東處於那個時代的文人主流之外，沒有多少影響力和話語權。

作家柏楊亦曾指出，社會邊緣人游離於主流之外，屬於弱勢階層，受到相當的歧視和冷待，由此心懷不平和仇恨，這種人一旦掌握權力，往往有一種針對主流社會的報復心理，比如中國歷史上的兩個邊緣人出身的皇帝，劉邦和朱元璋，就有這種特點，特別是朱元璋。

朱元璋曾將做過乞丐和當過和尚，為此他終生引以為恥。在他充滿自卑的情結中，異常羨慕官員和富人所保持的優越地位，因而產生強烈壓制他人的暴虐意念，以求自己心理平衡，因此朱元璋的統治顯得特別殘暴，冷血和愚昧（比如剝皮實草和大規模株連屠殺等），喜歡看別人流血，看別人痛苦，看別人跪下來向他哀求，而他又拒絕寬恕。

毛在1935年遵義會議掌權以前，也曾嘗盡左翼主流知識分子的歧視和羞辱。

毛在回憶1918年在北大時寫到（時毛已25歲），“李大釗給我找到工作，當圖書館的助理員，每月給我一筆不算少的數目。我的地位這樣地低下，以至於人們都躲避我。我擔任的工作是登記圖書館讀報紙的人們的名字，可是大多數人，都不把我當人類看待。在這些來看報的人們當中，我認識了許多有名的新文化運動領袖們的名字，我打算去和他們開始交談政治和文化問題，可是他們都是忙人，沒有時間去傾聽一個圖書館助理員說南方土話”。

另一則同代人的回憶說到：毛在北大圖書館當管理員，李大釗不在時，張申府是毛的頂頭上司，一次要毛抄錄一份目錄，結果毛全部抄錯，張要求毛重來，毛從此記恨在心，這就是為什麼張在中共黨史里銷聲匿跡的原因（張是周恩來的入黨介紹人）。毛同胡適攀關係，可惜胡聽不懂湘潭話，毛認為胡適瞧不起他。一次後來當北大校長的傅斯年來圖書館借書，不知為什麼同毛爭吵起來，傅氣得打了毛一個耳光。

毛曾經出席1921年中共的一大，被捧作是黨的創始人之一，實際上中共早在1920年就在上海創建，1921年毛澤東還不是一大正式代表，只是一個列席人員或工作人員。據一大主持人張國燾回憶道，當時毛氏滿口湖南方言，沒有人知道他說的是什麼，基本上就是一個被冷落的旁觀者，聆聽其他知識分子高談闊論，自始至終好像不存在一樣。陳獨秀後來也回憶道，毛是一個農運中實際工作人員，政治理論水平則甚低。

毛占據井岡山成立江西蘇區時，曾受到過項英、周恩來、洛甫等中共中央要人的先後指責、排擠、壓制，不僅將由他辛辛苦苦創立的江西蘇區與紅一方面軍的領導權，全部奪去，還被王明博古等留學蘇俄回來的人譏笑為“根本不懂馬列主義，只會抱着三國演義的土包子”，“只懂打打游擊”，是“農民意識”“富農路線”“流寇主義”等等。

這種年輕時代作為邊緣知識分子的屈辱經歷，可能使毛終生引以為恥，因而掌權以後就產生了一種強烈打壓主流知識分子的暴虐意念，以求自己心理平衡，喜歡看知識分子流血，看知識分子痛苦，看知識分子跪下來向他哀求，而他又拒絕寬恕。

1949年以後，毛曾多次說過，知識分子是比較最沒有出息的，永遠不如大老粗，特別是對於高級知識分子，毛更是鄙夷之至，一再聲言貧賤者最聰明，高貴者最愚蠢，學問多的不如學問少的，知識越多越反動等等。從中可以看出，早年主流知識分子，特別是高級知識分子，對於毛的輕視，始終讓毛耿耿於懷，為此中國知識分子付出了幾百萬人的代價。