在十一屆三中全會上，陳雲當選中共中央紀律檢查委員會第一書記。會後，他面臨着如何評價“文化大革命”及這一時期的人和事，如何處理林彪、江青兩個集團的大量問題。當時曾經有兩種認識：一種認為仍然是“無產階級和資產階級的階級鬥爭”;另一種認為完全是林彪、江青野心家集團的犯罪內亂，只能通過審判處理。

　　陳雲認為：

　　首先，要把毛澤東發動“文化大革命”的動機和後果區別開來。陳雲說：“關於對‘文化大革命’的估計，毛澤東發動‘文化大革命’，主要是為了防止中國變修，出現像赫魯曉夫那樣的事件，最初也不是要搞那麼大。這個問題需要作一個總結，總結時要很慎重，要把林彪、‘四人幫’等人的破壞作用估計進去。”他還說： “關於對毛澤東的評價問題。‘文化大革命’不能說毛澤東沒有一點責任，但我們對毛澤東的評價不能像赫魯曉夫對斯大林那樣。在這個問題上，要平心靜氣，要掌握分寸，慎重考慮，不能感情用事。這不僅是中國的問題，也是世界的問題。”在指導起草《關於建國以來黨的若干歷史問題的決議》時，陳雲又提出了增加建國前28年歷史的建議，對鄧小平要求充分肯定毛澤東歷史功績的原則，給予了有力支持。

　　其次，要從制度方面認識發生“文化大革命”的原因。陳雲說：“關於‘文化大革命’的經驗教訓，這關繫到民主集中制。從七大到全國勝利前，我們黨都很民主。建國初期，民主集中制也貫徹得很好。從1958年起，特別是1959年廬山會議，民主集中制傳統被一點一點地破壞。在‘文化大革命’中，林彪說什麼‘頂峰’、‘一句頂一萬句’，民主集中制搞得很不好。這其中有許多幫倒忙的人。”後來，他又一針見血地指出：“實際上應該說，黨內民主集中制沒有了，集體領導沒有了，這是‘文化大革命’發生的根本原因。”

　　再次，對“文化大革命”中犯錯誤的同志，要批評和幫助，樹立正確的黨內風氣。在十一屆五中全會上，有4位在“文化大革命”期間和其後兩年犯有嚴重錯誤的政治局委員提出辭職。陳雲指出，對這些同志應該全面地考查，既應看到這個同志犯了什麼錯誤，也應該看到他在黨內做過什麼好事，還必須看到當時黨內的整個情況。不贊成“扭住不放”，檢討沒有完沒有了。同時，他也嚴肅地指出，這些同志不要自己覺得委屈了，應該想一想我是否可以不犯這樣的錯誤。

　　最後，對“文化大革命”中犯有罪行的人，也要區別對待處理。陳雲曾對浙江省委書記鐵瑛說：“處理‘四人幫’與處理林彪反革命集團要有區別，‘四人幫’這些人禍國殃民，‘文化大革命’十年干盡壞事。而在戰爭年代，他們也沒有任何戰功。林彪反革命集團則有些不同，他們主要是部隊的。像黃、吳、李、邱他們，包括林彪，過去這些人都打過許多仗，也立過各種戰功。他們現在犯了罪，應該處理，但與‘四人幫’應該有所區別。”

　　即使對江青集團的首犯，陳雲也不主張完全按刑事犯罪處理。審判“四人幫”前，中央政治局開會討論，許多同志主張判江青死刑。陳雲說：“不能殺，同‘四人幫’的鬥爭終究是一次黨內鬥爭。”有人說：“黨內鬥爭也可以殺。”陳雲說：“黨內鬥爭不能開殺戒，否則後代不好辦。”事實證明，不殺的處理在國內外都收到了較好的效果。根據陳雲的意見，最高人民法院特別審判庭對林彪、江青集團的審判名單，由原來的100多人集中到10個主犯。