毛文龙被杀之后，皮岛众将选择了不同的道路。其中就有降后金的孔有德，耿仲明。他们二人加上后来的尚可喜，成为满清重要的汉人将领。 孔有德自称为孔子后裔，但张同敞认为孔有德自称孔子后裔是对孔子的侮辱，孔氏族人则在孔有德试图拜谒孔庙孔林时关闭大门禁止其进入，并呵斥孔有德是冒称孔子后裔。崇祯四年（1631年）八月，皇太极率清兵攻大凌河城（今辽宁锦县），祖大寿围于城内。孙元化急令孔有德以八百骑赶赴前线增援，然登州辽东兵与山东兵素不和，孔有德抵达吴桥时，因遇大雨春雪，部队给养不足，士兵抢劫哗变。孔有德在登州发动吴桥兵变，自号都元帅，孙元化忠于朝廷不愿称王，孔有德放他逃离登州。明朝派兵镇压后，投降后金。崇祯九年（1636年），受封为恭顺王，出征朝鲜、锦州、松山等地。八旗汉军成立时，被编入汉军正红旗。入关后，随豫亲王多铎追剿农民起义军，镇压了江南各地的抗清斗争。顺治六年（1649年）改封定南王，出征广西。顺治九年（1652年），孔有德被南明将领李定国打败，被困桂林，自刎而死。清廷破格予以厚葬，并追谥为武壮。 耿仲明，字云台，时人又呼为“耿二” [1]  ，清初三藩之一，生于辽东盖州卫，崇祯初为登州参将，毛文龙旧部。袁崇焕督师蓟辽，杀毛文龙，耿仲明被调隶山东巡抚孙元化麾下。崇祯五年（1632年）为孔有德内应，攻陷登州，自称总兵官。天聪七年（1633年）春，和孔有德一起渡海降后金。崇德元年（1636年）被清朝封为怀顺王，隶汉军正黄旗；顺治元年（1644年）随清兵入关后，镇压农民起义军；顺治六年（1649年）改封靖南王，与吴三桂、尚可喜合称清初三藩，不久因为私藏逃人，畏罪自缢于进军广东途中的江西吉安。 尚可喜（1604年—1676年），字元吉，号震阳，祖籍山西洪洞，后至河北衡水，明万历四年（1576年）其祖父尚继官举家迁往辽东海州（今辽宁海城）。尚可喜戎马一生，身经百战，转战数万里，为清朝的建立和巩固立下了汗马功劳。康熙年间，晋封为平南亲王。康熙十五年（1676年），尚可喜在广州薨逝，享年七十三岁。康熙帝赐谥曰敬。

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