毛文龍被殺之後，皮島眾將選擇了不同的道路。其中就有降後金的孔有德，耿仲明。他們二人加上後來的尚可喜，成為滿清重要的漢人將領。 孔有德自稱為孔子後裔，但張同敞認為孔有德自稱孔子後裔是對孔子的侮辱，孔氏族人則在孔有德試圖拜謁孔廟孔林時關閉大門禁止其進入，並呵斥孔有德是冒稱孔子後裔。崇禎四年（1631年）八月，皇太極率清兵攻大凌河城（今遼寧錦縣），祖大壽圍於城內。孫元化急令孔有德以八百騎趕赴前線增援，然登州遼東兵與山東兵素不和，孔有德抵達吳橋時，因遇大雨春雪，部隊給養不足，士兵搶劫譁變。孔有德在登州發動吳橋兵變，自號都元帥，孫元化忠於朝廷不願稱王，孔有德放他逃離登州。明朝派兵鎮壓後，投降後金。崇禎九年（1636年），受封為恭順王，出征朝鮮、錦州、松山等地。八旗漢軍成立時，被編入漢軍正紅旗。入關後，隨豫親王多鐸追剿農民起義軍，鎮壓了江南各地的抗清鬥爭。順治六年（1649年）改封定南王，出征廣西。順治九年（1652年），孔有德被南明將領李定國打敗，被困桂林，自刎而死。清廷破格予以厚葬，並追諡為武壯。 耿仲明，字雲台，時人又呼為“耿二” [1]  ，清初三藩之一，生於遼東蓋州衛，崇禎初為登州參將，毛文龍舊部。袁崇煥督師薊遼，殺毛文龍，耿仲明被調隸山東巡撫孫元化麾下。崇禎五年（1632年）為孔有德內應，攻陷登州，自稱總兵官。天聰七年（1633年）春，和孔有德一起渡海降後金。崇德元年（1636年）被清朝封為懷順王，隸漢軍正黃旗；順治元年（1644年）隨清兵入關後，鎮壓農民起義軍；順治六年（1649年）改封靖南王，與吳三桂、尚可喜合稱清初三藩，不久因為私藏逃人，畏罪自縊於進軍廣東途中的江西吉安。 尚可喜（1604年—1676年），字元吉，號震陽，祖籍山西洪洞，後至河北衡水，明萬曆四年（1576年）其祖父尚繼官舉家遷往遼東海州（今遼寧海城）。尚可喜戎馬一生，身經百戰，轉戰數萬里，為清朝的建立和鞏固立下了汗馬功勞。康熙年間，晉封為平南親王。康熙十五年（1676年），尚可喜在廣州薨逝，享年七十三歲。康熙帝賜諡曰敬。

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