順治十七年（1660）八月，在吳三桂的請求下，清廷決定出兵緬甸，迫使交出明永曆皇帝，並且一舉摧毀在雲南邊境地區繼續抗清的李定國軍。次年八月，吳三桂，愛星阿部署滿，漢兵由昆明分兩路西進。吳三桂，愛星阿致書緬甸國王，要求交出永曆君臣。
永曆帝得到清軍進入緬甸的消息後，給吳三桂寫了下面這封信：
將軍本朝之勛臣，新朝之雄鎮也。世膺爵秩，藩封外疆，列皇帝之於將軍可謂甚厚。詎意國遭不造，闖逆肆志，突我京師，逼死我先帝，掠殺我人民。將軍縞素誓師，提兵問罪，當日之本衷原未盡泯也。奈何清兵入京，外施復仇之虛名，陰行問鼎之實計。紅顏幸得故主，頓忘逆賊授首之後，而江北一帶土宇，竟非本朝所有矣。南方重臣不忍我社稷顛覆，以為江南半壁，未始不可全圖。詎鑾輿未暖，戎馬卒至。閔（指弘光）皇帝即位未幾，而車架又蒙塵矣。閩鎮興師，復振位號，不能全宗社於東土，或可偏處於一隅。然雄心未厭，並取隆武皇帝而滅之。當是時，朕遠竄粵東，痛心疾首，幾不復生，何暇復思宗社計乎？諸臣猶不忍我二祖列宗之殄祀也，強之再四，始膺大統。朕自登極以來，一戰而楚失，再戰而西粵亡。朕披星戴月，流離驚竄，不可勝數。幸李定國迎朕於貴州，奉朕於南（寧），安（隆），自謂與人無患，與國無爭矣。乃將軍忘君父之大德，圖開創之豐勛，督師入滇，犯我天闕，致滇南寸地曾不得孑然而處焉。將軍之功大矣！將軍之心忍乎？不忍乎？朕用是遺棄中國，旋渡沙河，聊借緬國以固吾圉。出險入深，既失世守之江山，復延先澤於外服，亦自幸矣。邇來將軍不避艱險，親至沙漠，提數十萬之眾，追煢煢羈旅之君，何視天下太隘哉！豈天覆地載之中，竟不能容朕一人哉！豈封王錫爵之後，猶必以殲朕邀功哉！第思高皇帝櫛風沐雨之天下，朕不能身受片地，以為將軍建功之能。將軍既毀宗室，今又欲破我父子，感鴟鴞之章，能不慘然心惻耶？將軍猶是中華之人，猶是世祿之裔也。即不為朕憐，獨不念先帝乎？即不念先帝，獨不念二祖列宗乎？即不念二祖列宗，獨不念己身之祖若父乎？不知新王何親何厚於將軍，孤客何仇何怨於將軍？彼則盡忠竭力，此則除草絕根，若此者是將軍自以為智，而不知適成其愚。將軍於清朝自以為厚，而不知厚其所薄，萬祀而下，史書記載，且謂將軍為何如人也。朕今日兵單力微，臥榻邊雖暫容鼾睡，父子之命懸於將軍之手也明矣。若必欲得朕之首領，血濺月日，封函報命，固不敢辭。倘能轉禍為福，反危就安，以南方片席，俾朕備位共主，惟將軍命。是將軍雖臣清朝，亦可謂不忘故主之血食，不負先帝之厚恩矣。惟冀裁擇焉。
這封信應該是永曆帝留下的最後一份文件。其哀愁乞憐之情溢於言表，毫無壯烈情懷可言。南明志士寄希望於這樣的皇帝實現中興大業，也可謂是緣木求魚。
順治十八年十二月初一日，清軍迫近緬甸阿瓦，緬甸國王大驚，決定送出朱由榔父子以避禍。初二日，一隊緬甸士兵突然來到永曆住所，口稱中國兵來攻城，需要將永曆帝轉移地方，不由分說七手八腳把朱由榔連同座椅抬起就走，另外備轎供太后，皇后乘用，太子朱慈烺和其他隨從一併起行。在緬兵押送下陸行五里抵達河岸，聽見對岸兵馬往來，人聲嘈雜，對岸清軍指揮擔心永曆帝知道這裡實情會在渡河時候投水自殺，就安排了不久前投降清朝的原明朝武功伯王會到河邊迎接，永曆帝坐船抵達岸邊，王會上前拜見，聲稱自己奉晉王李定國之命特來迎接。朱由榔還蒙在鼓裡，對王會慰勞有加。直到王會把永曆一行人送入清軍營中，朱由榔才發覺上當受騙，憤慨不已，斥責王會的叛變行徑。王會內心有愧，無言而退。
永曆帝被送入請軍營中後，吳三桂前往拜見，見到永曆帝拱手長揖。朱由榔問他來者何人，吳三桂噤聲不作答；朱由榔再問，吳三桂伏地不敢抬頭；經朱由榔一再問後，始報出姓名。朱由榔責備吳三桂說：“汝非漢人乎？汝非大明臣子乎？何甘為漢奸叛國負君若此？汝自問汝之良心安在？”吳三桂緘口伏地若死人。朱由榔最後說：“今亦已矣，我本北京人，欲還見十二陵而死，爾能任之乎？”吳三桂回答：“某能任之”。朱由榔讓吳三桂離去，吳三桂“伏不能起，左右扶之出，則色如死灰，汗浹背，自後不復敢見。”
初九日，吳三桂班師。回滇途中，吳三桂下營時把朱由榔一家置於附近地方帳篷內，由滿洲官兵嚴密看管。原先隨從永曆帝的明朝官員妻妾被滿洲官兵搶去。
康熙元年（1662）三月十二日，清廷以擒獲永曆帝詔告天下。五月，吳三桂因擒獲朱由榔有功，進封為親王。
在清廷詔告全國的同一天，朱由榔和他的眷屬被押回雲南昆明。昆明城中許多百姓眼見皇帝蒙難，不免黯然神傷。吳三桂等人認為如果押解永曆帝赴京獻俘，路途遙遠，怕生意外，建議就地處決，得到清廷核准。四月二十五，朱由榔，朱慈烺父子和國戚王維恭的兒子被處死。據記載，行刑前，吳三桂主張拖出去砍頭，滿洲將領不贊成，愛星阿說：“永曆嘗為中國之君，今若斬首，未免太慘，仍當賜以自盡，始為得體”；安南將軍卓羅也說：“一死而已，彼亦曾為君，全其首領可也。”於是，把朱由榔父子和王維恭子抬到門首小廟內，用弓弦勒死。隨即命令昆明知縣帶人搬運柴薪把三人棺木焚化於北門外。次日，清兵到火化處拾取大骨攜回作證。雲南人民不忘故主，以出城上墳為藉口，找尋到未燃盡小骨葬於太華山。南明最後一帝到此煙消雲散。（待續）
