顺治十七年（1660）八月，在吴三桂的请求下，清廷决定出兵缅甸，迫使交出明永历皇帝，并且一举摧毁在云南边境地区继续抗清的李定国军。次年八月，吴三桂，爱星阿部署满，汉兵由昆明分两路西进。吴三桂，爱星阿致书缅甸国王，要求交出永历君臣。
永历帝得到清军进入缅甸的消息后，给吴三桂写了下面这封信：
将军本朝之勋臣，新朝之雄镇也。世膺爵秩，藩封外疆，列皇帝之于将军可谓甚厚。讵意国遭不造，闯逆肆志，突我京师，逼死我先帝，掠杀我人民。将军缟素誓师，提兵问罪，当日之本衷原未尽泯也。奈何清兵入京，外施复仇之虚名，阴行问鼎之实计。红颜幸得故主，顿忘逆贼授首之后，而江北一带土宇，竟非本朝所有矣。南方重臣不忍我社稷颠覆，以为江南半壁，未始不可全图。讵銮舆未暖，戎马卒至。闵（指弘光）皇帝即位未几，而车架又蒙尘矣。闽镇兴师，复振位号，不能全宗社于东土，或可偏处于一隅。然雄心未厌，并取隆武皇帝而灭之。当是时，朕远窜粤东，痛心疾首，几不复生，何暇复思宗社计乎？诸臣犹不忍我二祖列宗之殄祀也，强之再四，始膺大统。朕自登极以来，一战而楚失，再战而西粤亡。朕披星戴月，流离惊窜，不可胜数。幸李定国迎朕于贵州，奉朕于南（宁），安（隆），自谓与人无患，与国无争矣。乃将军忘君父之大德，图开创之丰勋，督师入滇，犯我天阙，致滇南寸地曾不得孑然而处焉。将军之功大矣！将军之心忍乎？不忍乎？朕用是遗弃中国，旋渡沙河，聊借缅国以固吾圉。出险入深，既失世守之江山，复延先泽于外服，亦自幸矣。迩来将军不避艰险，亲至沙漠，提数十万之众，追茕茕羁旅之君，何视天下太隘哉！岂天覆地载之中，竟不能容朕一人哉！岂封王锡爵之后，犹必以歼朕邀功哉！第思高皇帝栉风沐雨之天下，朕不能身受片地，以为将军建功之能。将军既毁宗室，今又欲破我父子，感鸱鸮之章，能不惨然心恻耶？将军犹是中华之人，犹是世禄之裔也。即不为朕怜，独不念先帝乎？即不念先帝，独不念二祖列宗乎？即不念二祖列宗，独不念己身之祖若父乎？不知新王何亲何厚于将军，孤客何仇何怨于将军？彼则尽忠竭力，此则除草绝根，若此者是将军自以为智，而不知适成其愚。将军于清朝自以为厚，而不知厚其所薄，万祀而下，史书记载，且谓将军为何如人也。朕今日兵单力微，卧榻边虽暂容鼾睡，父子之命悬于将军之手也明矣。若必欲得朕之首领，血溅月日，封函报命，固不敢辞。倘能转祸为福，反危就安，以南方片席，俾朕备位共主，惟将军命。是将军虽臣清朝，亦可谓不忘故主之血食，不负先帝之厚恩矣。惟冀裁择焉。
这封信应该是永历帝留下的最后一份文件。其哀愁乞怜之情溢于言表，毫无壮烈情怀可言。南明志士寄希望于这样的皇帝实现中兴大业，也可谓是缘木求鱼。
顺治十八年十二月初一日，清军迫近缅甸阿瓦，缅甸国王大惊，决定送出朱由榔父子以避祸。初二日，一队缅甸士兵突然来到永历住所，口称中国兵来攻城，需要将永历帝转移地方，不由分说七手八脚把朱由榔连同座椅抬起就走，另外备轿供太后，皇后乘用，太子朱慈烺和其他随从一并起行。在缅兵押送下陆行五里抵达河岸，听见对岸兵马往来，人声嘈杂，对岸清军指挥担心永历帝知道这里实情会在渡河时候投水自杀，就安排了不久前投降清朝的原明朝武功伯王会到河边迎接，永历帝坐船抵达岸边，王会上前拜见，声称自己奉晋王李定国之命特来迎接。朱由榔还蒙在鼓里，对王会慰劳有加。直到王会把永历一行人送入清军营中，朱由榔才发觉上当受骗，愤慨不已，斥责王会的叛变行径。王会内心有愧，无言而退。
永历帝被送入请军营中后，吴三桂前往拜见，见到永历帝拱手长揖。朱由榔问他来者何人，吴三桂噤声不作答；朱由榔再问，吴三桂伏地不敢抬头；经朱由榔一再问后，始报出姓名。朱由榔责备吴三桂说：“汝非汉人乎？汝非大明臣子乎？何甘为汉奸叛国负君若此？汝自问汝之良心安在？”吴三桂缄口伏地若死人。朱由榔最后说：“今亦已矣，我本北京人，欲还见十二陵而死，尔能任之乎？”吴三桂回答：“某能任之”。朱由榔让吴三桂离去，吴三桂“伏不能起，左右扶之出，则色如死灰，汗浃背，自后不复敢见。”
初九日，吴三桂班师。回滇途中，吴三桂下营时把朱由榔一家置于附近地方帐篷内，由满洲官兵严密看管。原先随从永历帝的明朝官员妻妾被满洲官兵抢去。
康熙元年（1662）三月十二日，清廷以擒获永历帝诏告天下。五月，吴三桂因擒获朱由榔有功，进封为亲王。
在清廷诏告全国的同一天，朱由榔和他的眷属被押回云南昆明。昆明城中许多百姓眼见皇帝蒙难，不免黯然神伤。吴三桂等人认为如果押解永历帝赴京献俘，路途遥远，怕生意外，建议就地处决，得到清廷核准。四月二十五，朱由榔，朱慈烺父子和国戚王维恭的儿子被处死。据记载，行刑前，吴三桂主张拖出去砍头，满洲将领不赞成，爱星阿说：“永历尝为中国之君，今若斩首，未免太惨，仍当赐以自尽，始为得体”；安南将军卓罗也说：“一死而已，彼亦曾为君，全其首领可也。”于是，把朱由榔父子和王维恭子抬到门首小庙内，用弓弦勒死。随即命令昆明知县带人搬运柴薪把三人棺木焚化于北门外。次日，清兵到火化处拾取大骨携回作证。云南人民不忘故主，以出城上坟为借口，找寻到未燃尽小骨葬于太华山。南明最后一帝到此烟消云散。（待续）
