1949年，中華民國政府撤入台灣後，美國海軍在1955年借用國立臺灣大學醫學院附設醫院部分院區設立了美國海軍第二醫學研究所（U. S. Naval Medical Research Unit No.2），內設核生化實驗室，該單位對外任務是研究防治亞熱帶疾病與臨床醫學，但與軍事相關的任務則包括協助中華民國進行核生化作戰防禦研究。1978年12月，中美斷交，駐臺美軍則在中美共同防禦條約期滿後奉令撤離。NAMRU-2也遣散了中華民國籍研究人員，遷往菲律賓。1979年3月底，NAMRU-2在中華民國總部正式關閉。^[11]

1958年，中華民國國防部在桃園成立了陸軍化學兵學校，隨後其化學兵的建設逐步走向正規。中華民國在臺灣有幾個主要單位負責生化武器研發：中山科學研究院化學研究所、中正理工學院應用化學組和國防醫學院生化研究室。^[11]

1962年，中科院成立。中科院第四所即化學所，負責化學技術的研究開發，除推進科技的研究，同時也研製調配化學戰劑。1968年，隸屬於國防醫學院是中華民國培養陸海空三軍高、中、初級醫務人才的學院，位於臺北，前身是北洋軍醫學堂，隸屬於國防部參直靜俊?990年代曝光的「國防預醫所」^[12]雖隸屬於國防醫學院，但在該院的公開編制單位中卻從未出現，一直屬於高度機密的軍事科研單位。據了解，該所分為流行病學、細菌學、免疫學、生化學、產程學以及病毒學6個科研小組，同時擁有第四級（最高等級）生物安全實驗室，主要負責微生物生產以及疫苗的培養等生化防護工作。它的成立使中華民國國軍具備了對鼠疫、炭疽熱以及天花等生物武器的製造和偵測能力。

1970年代初，中華民國與西德、南非、以色列等國秘密往來，智螳@取核生化武器技術，並在生物戰劑的研究方面有過合作。^[11]

中科院何時完成毒氣調製目前尚未有明確資料證實。1972年2月10日，時任國防部參摯傞L賴名湯上將指示，中科院研發的芥子氣應轉由軍方儲存，並依現有生產設施和技術狀況進行105公釐或155公釐化學砲彈試製儲存備用，顯示在1970年代初中華民國已掌握部分傳統毒氣的製造技術。1972年3月10日，國防部聯合勤務總司令部提出「肅寇一號」（芥子氣彈）案研製工作計畫概要。化學砲彈的研製由聯勤61兵工廠負責，而聯勤44兵工廠則試行灌裝155公釐砲彈。「肅寇一號」案自奉令研究試裝芥子氣砲彈，至試爆完成，其間經過灌裝設備設計，模擬彈灌裝及試射，正式試爆場地勘選，前後歷時一年半。1973年4月24日，靜止試爆於屏東縣枋寮大橋西側士文溪河床進行。4月22日，按預定程序舉行模擬試爆3發砲彈，情形良好。4月24日上午9點正式試爆，共試爆3發M110式155公釐砲彈，各灌裝芥子氣戰劑9.7磅（4.4公斤），以電發火遙控引爆，同時引爆3發相距15公尺排成正三角形、彈頭以55度角朝下的芥子氣砲彈。

1970年代，在歷經退出聯合國、中美斷交等國際重要事件後，國軍化學兵編制擴大、訓練增加。1985年，於澎湖、金門等國軍防衛部隊設立了核生化訓練中心，當時國軍內部可能已經有相當數量的化學兵器儲備。

1980年代末，中華民國政府宣稱考慮到臺灣島自身地少人多，生物、化學戰劑又易於失控，因此宣佈終止生化武器的發展研製。但實際狀況則與聲稱相反，隨著中科院等軍事研究單位科技發展有所建樹，國軍一級戰備部隊已可配備可用火箭發射器發射的化學彈藥，一些飛機和導彈也具有化學戰攻擊能力。1988年，被迫終止核武器研究計劃後加速了化學武器研究並開始從國外大量採購「非摧毀性核生化武器」。1989年，美國國會獲悉中華民國已經擁有了製造進攻性化學武器的能力。^[11]1991年11月，由國防部批准成立的國防醫學院生命科學研究所也是一所主要負責開發生物武器和相關疫苗的科研單位。該所公開設有分子生物、細胞生物、系統生物及社會生物4個學科小組。自成立之日起便委派國防醫學院歷屆院長兼任該所所長。