孟森在他的《明清史講義》內稱神宗晚期為“醉夢之期”，並說此期神宗的特點是“怠於臨朝，勇於斂財，不郊不廟不朝者三十年，與外廷隔絕”。那麼，神宗是什麼時候從一個立志有為的皇帝變成一個荒怠的皇帝呢？又是什麼東西讓皇帝墮落得如此厲害呢？雖然，按照晚明的一位名士夏允彝的說法，神宗怠於臨朝的原因，先是因為寵幸鄭貴妃，後是因為厭惡大臣之間的朋黨鬥爭。但是，學者們也以為，神宗之怠於臨朝，還因為他的身體虛弱的原因。當然，身體虛弱的背後，是酒色財氣的過度。
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萬曆十七年（1589）十二月，大理寺左評事雒於仁上了一疏，疏中批評神宗縱情於酒、色、 財、氣，並獻“四箴”。對皇帝私生活這樣干涉，使神宗非常惱怒。幸好首輔大學士申時行 婉轉開導，說皇帝如果要處置雒於仁，無疑是承認雒於仁的批評是確有其事，外面的臣民會 信以為真的。最後，雒於仁被革職為民。在處理這件事的過程中，神宗曾召見申時行等人於 毓德宮中，“自辨甚悉”。神宗對內閣大學士們說：“他說朕好酒，誰人不飲酒？……又說 朕好色，偏寵貴妃鄭氏。朕只因鄭氏勤勞，朕每至一宮，她必相隨。朝夕間她獨小心侍奉， 委的勤勞。……朕為天子，富有四海之內，普天之下，莫非王土，天下之財皆朕之財。…… 人孰無氣，且如先生每也有僮僕家人，難道更不責治？”看來，神宗根本不承認雒於仁的批 評。的確，明末社會好酒成風。清初的學者張履祥記載了明代晚期朝廷上下好酒之習：“朝 廷不榷酒酤，民得自造。又無群飲之禁，至於今日，流濫已極。……飲者率數升，能者無量。……飲酒或終日夜。朝野上下，恆舞酣歌。”意思是說，明代後期對於酒不實行 專賣制度，所以民間可以自己製造酒，又不禁止群飲，飲酒成風。喝酒少的能喝幾升，多的 無限量，日夜不止，朝野上下都是如此。神宗的好酒，不過是這種飲酒之風的體現罷了。神 宗在17歲的時候，曾經因為醉酒杖責馮保的義子，差點被慈聖太后廢掉帝位。這件事他倒是 承認。至於說到好色，神宗雖然似乎不及他的祖父，但卻一點也不遜色於他的父親。他在萬 歷十年（1582）的三月，就曾效仿他的祖父世宗的做法，在民間大選嬪妃，一天就娶了“九 嬪”。而且，神宗竟然還玩起同性戀的勾當，即玩弄女色的同時，還玩弄小太監。當時宮中 有10個長得很俊定陵出土的刺繡百子女袷衣秀的太監，就是專門“給事御前，或承恩與上同 臥起”，號稱“十俊”。所以，雒於仁的奏疏中有“幸十俊以開騙門”的批評。這一點，神 宗與當初荒唐的武宗有一點類似。至於貪財一事，神宗在明代諸帝中可謂最有名了。他在親 政以後，查抄了馮保、張居正的家產，就讓太監張誠全部搬入宮中，歸自己支配。為了掠奪 錢財，他派出礦監、稅監，到各地四處搜括。
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酒色的過度，使神宗的身體極為虛弱。萬曆十四年（1586），24歲的神宗傳諭內閣，說自己 “一時頭昏眼黑，力乏不興”。禮部主事盧洪春為此特地上疏，指出“肝虛則頭暈目眩，腎 虛則腰痛精泄”。萬曆十八年（1590）正月初一，神宗自稱“腰痛腳軟，行立不便”。萬曆 三十年（1602），神宗曾因為病情加劇，召首輔沈一貫入閣囑託後事。從這些現象看來，神 宗的身體狀況實是每況愈下。因此，神宗親政期間，幾乎很少上朝。他處理政事的主要方法 是通過諭旨的形式向下面傳遞。萬曆三大征中邊疆大事的處理，都是通過諭旨的形式，而不 是大臣們所希望的“召對”形式。在三大徵結束之後，神宗對於大臣們的奏章的批覆，似乎 更不感興趣了。所以，神宗荒怠的情形，還真有前後兩個階段：前一階段是不願意上朝聽政 ；後一階段是連大臣們的奏章也不批覆，直接“留中”不發。但是，按照明朝的制定陵寶城 度，皇帝是政府的惟一決策者。一旦皇帝不願處置但又不輕易授權於太監或大臣，整個文官 政府的運轉就可能陷於停頓。到十七世紀初期，由於神宗不理朝政，官員空缺的現象非常嚴 重。萬曆三十年（1602），南、北兩京共缺尚書3名、侍郎10名；各地缺巡撫3名，布政使、 按察使等官66名、知府25名。按正常的編制，南、北二京六部應當有尚書12名，侍郎24名， 這時總共缺了近三分之一。到萬曆四十一年（1613）十一月，南北兩京缺尚書、侍郎14名。地方的行政管理，有時必須由一個縣的知縣兼任鄰縣的知縣。由這樣的情 形，我們可以想見萬曆後期政府運作的效率。神宗委頓於上，百官黨爭於下，這就是萬曆朝 後期的官場大勢。官僚隊伍中黨派林立，門戶之爭日盛一日，互相傾軋。東林黨、宣黨、昆 黨、齊黨、浙黨，名目眾多。整個政府陷於半癱瘓狀態。正如梁啓超說，明末的黨爭，就好 像兩群冬烘先生打架，打到明朝亡了，便一起拉倒。這樣的惡果，未嘗不是由神宗的荒怠造 成的。所以，《明史》對於明神宗的蓋棺論定是這樣表述的：“論者謂：明之亡，實亡於神宗。”
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萬曆四十八年（1620）七月二十一日，神宗朱翊鈞病逝，十月葬於定陵。300多年以後，他 的墳墓定陵被發掘。1958年，在考古學大師夏鼐的指揮下，神宗的梓宮（棺槨）被開啟。在 厚厚的龍袍下面，掩藏着神宗的屍骨。屍骨復原後的結論是：“萬曆帝生前體形上部為駝背 。從骨骼測量，頭頂至左腳長164米。”1966年8月24日下午，“地主階級的總頭目”神宗 的屍骨被砸爛、焚燒。這位曾經統治中國48年的駝背皇帝，終於化作一縷青煙遠去。
