關於風土，從狹義來說，是指自然環境，如山川湖海、氣候等。從廣義來說,還包括民俗即所謂的“人情”。這裡所說的“風土”是狹義的。風土在某種程度上影響着它所負載的人群的文明成熟度及其特質。
日本位於亞洲大陸東側，是呈弧形排列的島國，南北長約3000公里。除本州、四國、九州、北海道這四個主要的島嶼外，其周圍還散布4000餘小島。
日本多山，國土的67%是山地，大都被森林覆蓋。主要山脈飛（馬單）山、木曾山、赤石山，平均海拔3000米，縱貫本州島中央，將其分為東向太平洋的“表日本”和西臨日本海的“里日本”。因而，日本的平原少，河流短，地形複雜而富於變化。然而，日本這種地形的形成是較晚的，大約是在90萬年前喜馬拉雅山脈的造山運動以後的事。日本的火山多，地震多，或許與此有關。
由於日本列島呈南北方向的弧形排列，地處北緯45度至北緯24度之間，其氣候秒便有亞熱帶、溫帶、與亞寒帶的區別。加之，複雜地形與海流的影響，日本氣候的地域差異也很顯著。但是，大體上說，日本的氣候受亞洲季風影響，是溫暖、濕潤的海洋性氣候。與同緯度的其他國家和地區相比較，其氣候的特徵是降水量大，既多雨，又多雪。日本列島的年平均降水量為1700毫米，而作為古代文明發祥地之一的西亞，其年平均降水量僅在500毫米以下，近代文明發祥地西歐的年平均降水量則在1000毫米以下。與同處東亞的北京（年平均降水量600毫米）、南京（1000毫米）、韓國的大邱（950毫米）相比，其降水量遙遙領先。在夏季，受東南季風影響，太平洋一側的日本，雨量較集中，6—7月是高溫、多雨的梅雨季節，8月以後颱風則經常帶來暴雨。在冬季，日本海一側，由於位居對馬暖流（海面水溫即便在冬季也可達5—10度）和來自西伯利亞的寒冷高氣壓的交匯處，成為世界上降雪量最多的地區之一，例如新潟縣一帶經常積雪4—5米。
降水量大便有利於樹木成長。因而，日本的森林覆蓋率很高，約占國土的2/3。加之日本列島縱貫幾個氣候帶，所以，日本具有富於多樣性的森林生態體系。有的學者認為日本文明具有“森林文明”的特色。
日本四周環海，而且在日本近海生息的動物種類亦很多。例如，地中海僅有海生動物1322中，日本近海則多達3492種。海洋不僅為日本人提供了豐饒的食物來源，而且一直作為內外航路而發揮重要作用。此外，日本列島與亞洲大陸隔海相望，有時還會發揮保衛日本民族與日本文明的作用。有的學者認為日本文明具有“海洋文明”的特色。
然而，我們現在所見的上述日本風土，並非古來如此。其形成也經歷了漫長的變遷過程。
一般認為，自200萬年前開始至約1萬年前為止，地球處於冰河時代。冰河時代又可分為若干氣候嚴寒、冰河發達的“冰期”和氣候較溫暖、冰河後退的“間冰期”，“冰期”與“間冰期”反覆交替。在嚴寒的“冰期”，冰河覆蓋了陸地的30%左右，海面亦下降。在冰河時代，日本列島的年平均溫度，均比現在低6度左右。那時的海面降低，稱為“海退”，要比現在的海面低100米以上。當時有陸橋將日本列島與亞洲大陸相連結。冰河時代的最後一個“冰期”大約始自7萬年前，其最寒冷的時期為25000年前至15000年前。當時的日本海被對馬陸橋隔斷，幾乎成為湖泊。由於對馬暖流不能北上，以至降雪減少，日本的氣候寒冷而乾燥，應屬於大陸性氣候。不過，依據花粉的考古學調查可知，當時日本的森林卻比西亞和歐洲繁茂，在東日本多為針葉林，而在西日本則多為落葉闊葉林。當時的日本人雖也使用石刀型石器獵取古象、大角鹿等哺乳類動物作為食物，但更多地依靠採集森林中的樹果（如橡、榛、核桃、栗）等植物性食品維持生活。
自15000年前開始，氣候逐漸轉暖。到了13000年前，降水量亦開始增多。與之相適應，在日本海一側的多雪地區的森林中（主要在北緯40度以南地區），山毛櫸、柞之類的溫帶落葉闊葉樹逐漸增加。氣候和植物生態體系的如此變化，不利於古象和大角鹿等生活於草原的大型哺乳動物的生息。這時的日本人遂改用尖頭石器，以捕獲森林中的小型哺乳動物作為食物，並開始捕捉湖沼河川中的魚類（如鮭、鱒），作為蛋白食品的新來源。人們已開始製造陶器，用於炊煮樹果、山菜和肉類。日本人的生活越來越依存於森林的動植物資源，日本的森林文明由此而誕生。
大約1萬年前，冰河時代結束，全球的氣候急速轉暖。短短的50年間，年平均溫度升高了7度。海面亦急劇上升，陸橋消失，日本列島與亞洲大陸被大海隔絕。日本人開始向大海尋求食物來源，用魚叉、魚鈎等用具，捕撈魚、貝類海生動物。在沿海地帶遺留至今的許多貝冢，便是當年日本人食用海生動物的生動寫照。日本的海洋文明由此而發生。
大約8000年前，對馬暖流進入日本海，日本列島多雨、多雪的海洋性氣候至此次穩定形成。隨之溫帶落葉闊葉林逐漸擴散到北緯40度以北，於是，關東地區及其以北多為落葉闊葉林，關西地區及其以西多為常綠闊葉林的日本森林生態系統也大體完成。因而可以說，我們現在所見的日本風土，是在那一時期形成的。與同一時期的西亞大草原相比較，日本的風土更適宜人們生活，更容易獲得食物。那時的日本人，春季採集山菜，夏季捕撈魚貝，秋季採集樹果，冬季捕獵野豬和鹿。年年如此，周而復始。人們勞動與生活的循環頻率，與溫帶森林的季節性循環頻率相互吻合，可謂人依存於自然，人與自然共生。
誠然，冰河時代結束後，地球的氣候亦並非沒有變化。大約5000年前，氣候曾變冷。在西亞地區，氣候乾燥，草原沙漠化。於是，草原游牧民逐漸向水源較豐富的河灘地區集中。農民和牧民混合、集中，促成了城市文明的誕生。同一時期的日本，氣候雖變寒冷，也出現“海退”現象，但仍濕潤。在日本中部的八岳山麓和關東平原的西部，柞樹林和桑樹林依然繁茂。雖有部分日本人離開海岸地區，逐漸向上述內陸地區移動，但他們的生活仍然依存於森林，仰賴自然的恩惠，並未產生農耕或城市文明。這樣的生活又延續了2000多年左右。
要追溯尚無文字記載時代的人們在這樣的風土中生活所產生的原始宗教思想，實非易事。我們只有依靠有限的考古發掘品來進行推測。
大概當時的日本人已具有“萬物有靈”思想。在距今5000—6000年前的石川縣真肋遺址，曾集中出土了數百塊海豚的頭骨。它們呈放射狀排列。與海豚頭骨同時出土的，還有一塊長205厘米、直徑45厘米的粟木柱，其正面有雕刻。從海豚頭骨的人為有序排列和雕刻木柱的存在來看，在這裡可能舉行過某種儀式。民俗學的調查表明，日本的阿伊努族和東西伯利亞的一些少數民族，都曾有為獵獲物舉行“送靈”儀式，將獵獲物的精靈送回“精靈世界”，這些動物會重返人間世界，還會成為新的獵獲物，以維持人們的生存。有的學者推測，5000—6000年前在上述遺址舉行的儀式，或許就是為海豚舉行的“送靈”儀式。
當時的日本人，大概認為自然界的萬物的背後，都有精靈。日月星辰，電閃雷鳴，山河湖泊，草木蟲獸，無不如此。它們既會給人們帶來恩惠，也會給人們帶來危害。於是，當時的日本人便祈求這些精靈不斷給他們帶來恩惠，並試圖驅避那些給他們帶來危害的惡靈。在日本各地均出土過1萬年前至3000年前製造的“土偶”（陶俑）。初期製造的，只是在陶板上雕刻着人眼和肚臍等。此後又有具象或抽象表現人體的。這些陶俑的特徵是，均為女性，而且是非寫實的。乳房、腹部或生殖器部分被誇張、強調。有的陶俑則明顯表現妊娠狀態。這些陶俑的另一個特徵是，它們都有缺損，而且顯然是在被有意毀損後，分散丟棄在各處。有的學者認為，這些陶俑及其處置方法，反映了當時日本人的“死與再生”的觀點。表現乳房、生殖器和妊娠狀態的女性陶俑，實際是不斷孕育新生命的象徵。毀棄這些陶俑即象徵死。但當時的日本人或許相信，這些作為孕育生命之象徵的母性陶俑死去後，又有新生命再生。這不僅是祈求人們的生命的新生，也是祈求作為其維生食物的動、植物的新生，祈求自然賦予人們更豐饒的恩惠。在青森縣龜岡出土的、製成時間較晚的一個陶俑，則很獨特。它的眼睛被誇張，其眼眶比現在人們所帶的遮光墨鏡還要大，眼眶中有一條細長的眯着的眼縫，透露出威懾與蔑視的神色。有的學者認為，這一陶俑可能是個護符，有咒術作用，可以驅避惡靈。
當時的日本人自然也相信人死後是有靈魂的。然而在最初，死者的靈魂與其說是可新近的存在，莫如說是被恐懼的對象。從死屍的埋葬方式便能窺知這一狀況。較早的埋葬方式是屈體葬，上下肢彎曲，似乎被捆縛過。還有所謂“抱石葬”，把石頭壓在死屍的胸腹或腰部。還有的死屍的頭部被套上陶瓮。這些做法仿佛是要鎮壓住死者的靈魂，防止死者再生而重返人世。在被發現的這一時代的數千座墓葬中，雖有的屍體佩帶着玉、石、陶製的裝飾品，但很少有為其死後生活準備的陪葬品，也沒胡後人供奉死者的遺蹟。懷很有親愛之情供奉祖先，乃至形成祖先崇拜，恐怕是較晚的進入農耕社會以後的事。
在日本的東北地區，還出土過一些陶製的假面具。大者有16—18厘米長，恰好可以覆蓋部。小者只有10厘米左右，可能是戴在額頭上。有的學者推測，這些假面具可能是在祭儀使用的。人們經過妝扮，戴上假面具，就可以被認為變成祖先的精靈，或者其他精靈。它們既可能發揮守護人們的作用，也可能是扮演被驅避的惡靈。
在這一時代遺址上，還出土過一些動物形狀的陶俑，如野豬、猿、犬、熊等。這些陶俑長約5—15厘米，均為黏土燒制。於是，有的學者認為，這些陶俑反映了當時的日本人已形成圖騰信仰。然而，也有學者指出，出土的動物陶俑數量很少，僅幾十例，還不能說圖儯信仰在當時已成為普遍的社會習俗。
若從已出土的考古發掘來看，日本人最原始的宗教思想是“萬物有靈”信仰。