汉代“帝制儒学”成为意识形态以后发生了儒学向经学的转化。经学是汉儒把先秦儒家圣人的旧典进行学术转换而成为意识形态载体的结果。在这个意义上，汉代“帝制儒学”，可以称作汉代经学。汉代经学借政治的力量，遂对国家政治与社会生活发生着实际的巨大影响。自武帝立五经博士至章帝时的二百多年，其间经学得到充分发展，但又陷入章句之学的烦言碎辞和谶纬思潮的庸俗迷信，障碍了经学更好地发统治思想的作用。同时，今、古文经学内部以及正统经学与谶纬神学之间矛盾重重，派别纷争不可收拾。为了解决这个问题，东汉章帝建初四年（公元79年）举行了一次讨论经义的会议，制订朝廷对经书统一解释，称为白虎观会议。会后，班固奉命将记录整理编辑成书，即《白虎通》。《白虎通》的主导思想是抬高和巩固中央集权，它主要通过天命、制度、礼仪诸方面的解释来确定君权的至高无上，试图通过统一经学来统一思想。《白虎通》作为东汉王朝对经义的官方解释是完成了，但实际上统一思想的任务并没有完成，以后仍然是“每有策试，辄兴争讼，议论纷错，互相是非”（《后汉书·徐防传》）。直到兼通诸家的马融、郑玄遍注群经，才真正把经学统一起来。原因便在于《白虎通》的统一是政治化的、外在的，而马、郑则是学术化的、内在的统一。

这种追求思想统一并不是所有汉代儒者的做法，事实上由于东汉光武帝对谶纬的极端崇拜，已使许多头脑清醒的儒家学者开始正视意识形态的危机，他们越来越对光武帝失去了信心，他们既不愿意背弃学术良心曲意迎合，遂采取政治上的不合作态度，或继续隐居于大泽之中聚徒讲学，或公开宣布未习图谶，他们还在考虑着如何通过重新阐释先秦孔孟思想，重塑儒家传统，弘扬早期儒家的人文主义精神来回应时代的要求，满足社会发展的需要。这些儒家学者以潜在的方式构成了反思想专制的民间潮流。扬雄、桓谭、王充就是这样的儒者。

扬雄敢于批评汉代经学的牵强附会以及神仙方术的迷信，在他身上体现了先秦儒家的优良传统，如为学与为人合一，将学问的探讨与人格的修养融为一体，这就与董仲舒以后的那些经学家有着质的区别。在人生道路的选择上，他作为一名饱学之士，由于不愿识时务地投身政治，所以长期得不到升迁，并在贫困、孤独、凄凉中走完了其坎坷、潦倒的一升。扬雄之所以选择这样的人生道路，根本上是他对儒学发展的现状进行分析、认识的结果。他在《法言·吾子篇》中写道：“古者杨墨塞路，孟子辞而辟之，廓如也。后之塞路者有矣，窃自比于孟子。”这里的塞路者就是那些“帝制儒学”经学家。扬雄是通过重新诠释和阐扬先秦儒家的真精神来批判那些 “塞路者”的。他认为，儒学作为一种文化现象，无疑属于已经消逝的过去，但由于儒家精神的博大精深，后世儒者对儒学的理解与发展往往容易流于一偏，并没有得到儒家精神的真谛。在他看来，儒学的真精神至简至易，它自然是治国安邦、修身论学的最高原则，但毕竟是从实践中来的，是对人类实践的一种理性把握与概括，是孔孟从个人生命体验中而得出的结论，故而不存在难解或不可理喻的空疏与荒诞。⒂他说：“或曰：‘圣人之事异乎？’曰：‘圣人德之为事，异亚之。故常修道者，本也；见异而修德者，末也。本末不修而存者，未之有也。”（《法言·孝至篇》）这就是说，儒家的圣人并没有什么神秘奇异，上达天道，下修人德，下学上达，就是圣人之所以为圣人的全部。在扬雄看来，先秦儒家的真精神、真面目决不在被时儒改造过的经学化的儒学，或谶纬化的经学，而存在于那种具有东方特色的人文主义的哲学，即基于血缘宗法关系的理想道德及价值取向。这样，在扬雄这里，就真正回复到了孔子的经典儒学，即把儒学作为一种关于人的学问，是对人的个体生命与社会生命的双重关怀；对内，作为个人生命修炼的指导；对外，则负有协调社会关系、稳定社会秩序的功能与价值。这种对儒家精神的人文主义诠释，无疑是对儒学经学化、经学谶纬化的最直接有力的批判。（16）

桓谭是扬雄的好朋友，其思想见解与扬雄也多有共同之处，他们一致反对将儒学经学化、经学谶纬化，反对把孔子和儒家经典神秘化，而主张直接继承孔子的思想，恢复孔子和先秦儒家的人文主义传统。他指出：“谶书、河图、洛书，但有兆朕而不可知。后人妄复加增依托，称是孔子，诬之甚也。”（《新论·启寤》）这就从根本上抽掉了谶纬之学所赖以存在的学术基础，摘去了谶纬之学的神圣灵光。面对光武帝迷恋于谶纬之学，甚至以谶决疑，他上书谏曰：

凡人情忽于见事而贵于异闻，观先王之所记述，咸以仁义正道为本，非有奇怪虚诞之事。盖天道性命，圣人所难言也。自子贡以下，不得而闻，况后世浅儒能通之乎？今诸巧慧小才伎数之人，增益图书，矫称谶记，以欺惑贪邪，诖误人主，焉可不抑远之哉！臣谭伏闻陛下穷折方士黄白之术，甚为明矣；而乃欲听纳谶记，又何误也！其事虽有时合，譬犹卜数只偶之类。陛下宜垂明听，发圣意，屏群小之曲说，述《五经》之正义；略雷同之俗语，详通人之雅谋。　

桓谭的忠心并没有得到应有的回应，相反，光武帝对他的言论非常恼火，他明知桓谭对谶纬持不信任态度，却在会议灵台的时候，公开向桓谭发难：“吾欲以谶决之，何如？”桓谭只好回答：“臣不读谶。”光武问其故，桓谭复极言谶之非经。光武大怒，曰：“桓谭非圣无法，将下斩之。”桓谭叩头流血，良久乃得解。后出为六安郡丞，意乎不乐，中途病卒。

东汉大思想家王充，出身于“细族孤门”，“以农桑为业”，“以贾贩为事”的家庭，祖、父辈又富于反抗精神和任侠传统，这无疑对他的性格是有影响的。王充生活的时代是谶纬迷信盛行的时代，他以反主流思想的异端面目出现，对汉代已有的官方意识形态即谶纬神学持一种毫不妥协的严厉的批判态度，对经学、谶纬等等的虚妄之学进行了细致的考订和深刻的批判，表现出敢于坚持真理的高尚风格。他说：“《诗》三百，一言以蔽之曰：思无邪。《论衡》篇以十数，亦一言也，曰：疾虚妄。”（《论衡·佚文》）这就是说，他书是针对经学和谶纬的虚妄而作的。他认为，谶纬神学所宣扬的符瑞灾异说，其用心未必坏，但效果却极为恶劣。为正本清源，王充以归纳演绎的双重手法，深刻地揭露了符瑞灾异说的文化底蕴，反复强调必须放弃以待瑞灾异为主要特征和内容的谶纬神学，才能真正恢复先秦儒学的人文主义精神，才能真正地复兴儒学，解决当时的意识形态危机。他指出，谶纬神学或许在汉王朝的重建过程中超过积极的作用，但当东汉的秩序得以重建后，这种学说的负面影响已远远超过其积极意义，它所宣扬的那些东西，实际上只能导致对社会现实和统治者的不信任。他在《论衡·宣汉篇》写道，“儒者称王帝、三五致天下太平。汉兴以来，未有太平。彼谓五帝、三工致太平，见五帝、三五圣人也。圣人之德，能致太平，谓汉不太平者，汉无圣帝也。”可见，王充通过阐释儒家的真精神和真传统对汉王朝进行尖锐地批评，也流露出对汉代“帝制儒学”的强烈不满。他对儒家经书与诸子著作的关系提出一个非常大胆而新颖的看法：“书亦为本，经亦为末”（《论衡·书解》），在《问孔》、《刺孟》诸篇中对以孔子、孟子还有诘难，认为诸子的著作中也有真理，经书中也有谬误，这实际上是基于“帝制儒学”对儒家精神的曲解而发出的恢复儒学真精神的呼声。这样，王充的思想就是扬雄、桓谭等思想前辈智慧资源的逻辑继承。他们所呼唤的都是先秦儒学的真精神，他们所反对的都是儒学独尊以来所形成的儒学新传统。