漢代“帝制儒學”成為意識形態以後發生了儒學向經學的轉化。經學是漢儒把先秦儒家聖人的舊典進行學術轉換而成為意識形態載體的結果。在這個意義上，漢代“帝制儒學”，可以稱作漢代經學。漢代經學借政治的力量，遂對國家政治與社會生活發生着實際的巨大影響。自武帝立五經博士至章帝時的二百多年，其間經學得到充分發展，但又陷入章句之學的煩言碎辭和讖緯思潮的庸俗迷信，障礙了經學更好地發統治思想的作用。同時，今、古文經學內部以及正統經學與讖緯神學之間矛盾重重，派別紛爭不可收拾。為了解決這個問題，東漢章帝建初四年（公元79年）舉行了一次討論經義的會議，制訂朝廷對經書統一解釋，稱為白虎觀會議。會後，班固奉命將記錄整理編輯成書，即《白虎通》。《白虎通》的主導思想是抬高和鞏固中央集權，它主要通過天命、制度、禮儀諸方面的解釋來確定君權的至高無上，試圖通過統一經學來統一思想。《白虎通》作為東漢王朝對經義的官方解釋是完成了，但實際上統一思想的任務並沒有完成，以後仍然是“每有策試，輒興爭訟，議論紛錯，互相是非”（《後漢書·徐防傳》）。直到兼通諸家的馬融、鄭玄遍注群經，才真正把經學統一起來。原因便在於《白虎通》的統一是政治化的、外在的，而馬、鄭則是學術化的、內在的統一。

這種追求思想統一併不是所有漢代儒者的做法，事實上由於東漢光武帝對讖緯的極端崇拜，已使許多頭腦清醒的儒家學者開始正視意識形態的危機，他們越來越對光武帝失去了信心，他們既不願意背棄學術良心曲意迎合，遂採取政治上的不合作態度，或繼續隱居於大澤之中聚徒講學，或公開宣布未習圖讖，他們還在考慮着如何通過重新闡釋先秦孔孟思想，重塑儒家傳統，弘揚早期儒家的人文主義精神來回應時代的要求，滿足社會發展的需要。這些儒家學者以潛在的方式構成了反思想專制的民間潮流。揚雄、桓譚、王充就是這樣的儒者。

揚雄敢於批評漢代經學的牽強附會以及神仙方術的迷信，在他身上體現了先秦儒家的優良傳統，如為學與為人合一，將學問的探討與人格的修養融為一體，這就與董仲舒以後的那些經學家有着質的區別。在人生道路的選擇上，他作為一名飽學之士，由於不願識時務地投身政治，所以長期得不到升遷，並在貧困、孤獨、淒涼中走完了其坎坷、潦倒的一升。揚雄之所以選擇這樣的人生道路，根本上是他對儒學發展的現狀進行分析、認識的結果。他在《法言·吾子篇》中寫道：“古者楊墨塞路，孟子辭而辟之，廓如也。後之塞路者有矣，竊自比於孟子。”這裡的塞路者就是那些“帝制儒學”經學家。揚雄是通過重新詮釋和闡揚先秦儒家的真精神來批判那些 “塞路者”的。他認為，儒學作為一種文化現象，無疑屬於已經消逝的過去，但由於儒家精神的博大精深，後世儒者對儒學的理解與發展往往容易流於一偏，並沒有得到儒家精神的真諦。在他看來，儒學的真精神至簡至易，它自然是治國安邦、修身論學的最高原則，但畢竟是從實踐中來的，是對人類實踐的一種理性把握與概括，是孔孟從個人生命體驗中而得出的結論，故而不存在難解或不可理喻的空疏與荒誕。⒂他說：“或曰：‘聖人之事異乎？’曰：‘聖人德之為事，異亞之。故常修道者，本也；見異而修德者，末也。本末不修而存者，未之有也。”（《法言·孝至篇》）這就是說，儒家的聖人並沒有什麼神秘奇異，上達天道，下修人德，下學上達，就是聖人之所以為聖人的全部。在揚雄看來，先秦儒家的真精神、真面目決不在被時儒改造過的經學化的儒學，或讖緯化的經學，而存在於那種具有東方特色的人文主義的哲學，即基於血緣宗法關係的理想道德及價值取向。這樣，在揚雄這裡，就真正回復到了孔子的經典儒學，即把儒學作為一種關於人的學問，是對人的個體生命與社會生命的雙重關懷；對內，作為個人生命修煉的指導；對外，則負有協調社會關係、穩定社會秩序的功能與價值。這種對儒家精神的人文主義詮釋，無疑是對儒學經學化、經學讖緯化的最直接有力的批判。（16）

桓譚是揚雄的好朋友，其思想見解與揚雄也多有共同之處，他們一致反對將儒學經學化、經學讖緯化，反對把孔子和儒家經典神秘化，而主張直接繼承孔子的思想，恢復孔子和先秦儒家的人文主義傳統。他指出：“讖書、河圖、洛書，但有兆朕而不可知。後人妄復加增依託，稱是孔子，誣之甚也。”（《新論·啟寤》）這就從根本上抽掉了讖緯之學所賴以存在的學術基礎，摘去了讖緯之學的神聖靈光。面對光武帝迷戀於讖緯之學，甚至以讖決疑，他上書諫曰：

凡人情忽於見事而貴於異聞，觀先王之所記述，咸以仁義正道為本，非有奇怪虛誕之事。蓋天道性命，聖人所難言也。自子貢以下，不得而聞，況後世淺儒能通之乎？今諸巧慧小才伎數之人，增益圖書，矯稱讖記，以欺惑貪邪，詿誤人主，焉可不抑遠之哉！臣譚伏聞陛下窮折方士黃白之術，甚為明矣；而乃欲聽納讖記，又何誤也！其事雖有時合，譬猶卜數隻偶之類。陛下宜垂明聽，發聖意，屏群小之曲說，述《五經》之正義；略雷同之俗語，詳通人之雅謀。　

桓譚的忠心並沒有得到應有的回應，相反，光武帝對他的言論非常惱火，他明知桓譚對讖緯持不信任態度，卻在會議靈台的時候，公開向桓譚發難：“吾欲以讖決之，何如？”桓譚只好回答：“臣不讀讖。”光武問其故，桓譚復極言讖之非經。光武大怒，曰：“桓譚非聖無法，將下斬之。”桓譚叩頭流血，良久乃得解。後出為六安郡丞，意乎不樂，中途病卒。

東漢大思想家王充，出身於“細族孤門”，“以農桑為業”，“以賈販為事”的家庭，祖、父輩又富於反抗精神和任俠傳統，這無疑對他的性格是有影響的。王充生活的時代是讖緯迷信盛行的時代，他以反主流思想的異端面目出現，對漢代已有的官方意識形態即讖緯神學持一種毫不妥協的嚴厲的批判態度，對經學、讖緯等等的虛妄之學進行了細緻的考訂和深刻的批判，表現出敢于堅持真理的高尚風格。他說：“《詩》三百，一言以蔽之曰：思無邪。《論衡》篇以十數，亦一言也，曰：疾虛妄。”（《論衡·佚文》）這就是說，他書是針對經學和讖緯的虛妄而作的。他認為，讖緯神學所宣揚的符瑞災異說，其用心未必壞，但效果卻極為惡劣。為正本清源，王充以歸納演繹的雙重手法，深刻地揭露了符瑞災異說的文化底蘊，反覆強調必須放棄以待瑞災異為主要特徵和內容的讖緯神學，才能真正恢復先秦儒學的人文主義精神，才能真正地復興儒學，解決當時的意識形態危機。他指出，讖緯神學或許在漢王朝的重建過程中超過積極的作用，但當東漢的秩序得以重建後，這種學說的負面影響已遠遠超過其積極意義，它所宣揚的那些東西，實際上只能導致對社會現實和統治者的不信任。他在《論衡·宣漢篇》寫道，“儒者稱王帝、三五致天下太平。漢興以來，未有太平。彼謂五帝、三工致太平，見五帝、三五聖人也。聖人之德，能致太平，謂漢不太平者，漢無聖帝也。”可見，王充通過闡釋儒家的真精神和真傳統對漢王朝進行尖銳地批評，也流露出對漢代“帝制儒學”的強烈不滿。他對儒家經書與諸子著作的關係提出一個非常大膽而新穎的看法：“書亦為本，經亦為末”（《論衡·書解》），在《問孔》、《刺孟》諸篇中對以孔子、孟子還有詰難，認為諸子的著作中也有真理，經書中也有謬誤，這實際上是基於“帝制儒學”對儒家精神的曲解而發出的恢復儒學真精神的呼聲。這樣，王充的思想就是揚雄、桓譚等思想前輩智慧資源的邏輯繼承。他們所呼喚的都是先秦儒學的真精神，他們所反對的都是儒學獨尊以來所形成的儒學新傳統。