武漢病毒在NCBI核酸文庫裡面有兩個submission,由復旦大學的同一批人提交，第一次在1月17號（ACCESSION：NC_045512），第二次在1月23號（ACCESSION：MN908947）。兩次提交的是同一個病毒序列，100%相同。這個病毒一共編碼10個蛋白。以下結果僅僅比較蛋白序列，未比較DNA序列。按序列來：
1. orf1ab polyprotein/protein_id="QHD43415.1",最長，7092aa,與南京病毒同源率：95.5% （南京病毒acc ID:AVP78030.1,AVP78041.1）第二名：87.27%， ID16715.1，來自北京動物所2016年的研究。
2. Gene S/surface glycoprotein/protein_id="QHD43416.1", 1273 aa, 與南京病毒同源性80.3%。 第二名也是南京病毒：80.32% ，AVP78042.1。第三名：77.07%， ATO98205.1， 2017年武漢病毒所。
3. ORF3a protein/protein_id="QHD43417.1"， 275aa, 與南京病毒同源性92.00， AVP78043.1； 第二名：南京病毒，90.91% AVP78032.1； 第三名：76.00%，AHX37559.1， Institute of Military Veterinary， Jilin. 2014年。
4. Gene E/envelope protein/protein_id="QHD43418.1", 75aa, 與南京病毒同源性100.00%，AVP78033.1。第二至五名： 94.74% APO40581.1等，國內外發各單位發的文章7-8篇。
5. Gene M/membrane glycoprotein/protein_id="QHD43419.1", 222aa, 與南京病毒同源性98.65%， AVP78034.1。 同源性第二名：91.44%， AIA62323.1， 北京某所
6. ORF6 protein/protein_id="QHD43420.1", 61aa, 與南京病毒同源性93.44%， AVP78035.1, 第二名：73.77%， AGZ48837.1，是武漢病毒所2013年鑑定上次sars源的文章。
7. ORF7a protein/protein_id="QHD43421.1"， 121 aa, 與南京病毒同源性88%， 第二名：88.5%， 源自北京動物所對上次SARS的研究。
8. ORF8 protein/protein_id="QHD43422.1"， 121aa, 與南京病毒同源性94.21%， AVP78037.1， 同源性第二名：57.85% AHX37565.1， 來自長春某軍事研究所2014年。
9. Gene N/nucleocapsid phosphoprotein/protein_id="QHD43423.2", 419 amino acid, 全長相同，94.3% match 南京病毒蛋白ID:AVP78038 （後者：南京，2018年1月5號遞交，作者：Hu. nucleocapsid protein [Bat SARS-like coronavirus]
10. ORF10 protein/protein_id="QHI42199.1", 長度38aa， 未發現任何蛋白有同源性。
以上為各蛋白的同源性。武漢病毒與南京病毒（accession ID:MG772933, 29802 bp）全長核酸同源性88%（蛋白同源性比核酸同源性高，未全序列計算）， 下一個最類似的病毒是武漢病毒所2017年送交的一個病毒序列（acc ID: KY417146, 29782 bp）， 全長核酸同源性為80.7%。
RNA病毒變異性較高，時間點越接近的病源體同源性應該較高。結論：武漢病毒與南京病毒有異乎尋常的極高同源性。是否同一株病毒的快速變異不好說， 俺不是病毒學家。那些做RNA病毒變異的學者應該能夠計算出來
說明：同源性是指序列相同的比例。南京病毒是指2018年南京某軍事研究所發在NCBI核酸文庫的病毒全序列。第一第二第三名是指按照同源性由高到低的排列，在比較所有核酸文庫裡面的序列後得出的同源性排名。所有做分子生物的都應該會這種分析，可以直接去NCBI覆核。
