2006年7月，吴弘达对法轮功媒体有关苏家屯活体摘取法轮功学员器官的报道进行了详细的研究，并且发表了长篇报告，其中对法轮功媒体的报道的真实性提出了质疑：

“……法轮功的报告没有一个直接的相关的证人——没有操作的医生或其他医务人员。他们提出的一份电话记录上有一个所谓的医务人员，可这一个证人到底是谁，处在一个什么样的状态，这些我们都不清楚。从病人来说，他们都被‘处理’掉了，被烧掉了。没有名，也没有姓，而且几千个人都没有家属，这也是很奇怪的一点。……四五千人，每个人都有五六件器官可以移植，一共几万件器官可以卖钱。这些器官最终都需要受惠者。在这些人中哪怕有百分之一的人站出来表示自己接受法轮功学员的器官，也有几百人。可这都没有相关的可靠的报道……”

……法轮功代表承认苏家屯集中营的证据目前尚不充足，但是他们坚信苏家屯集中营是存在的，报导是真实的，他们正在深入收集相关证据。他们的推理是：中共是残暴政权，任何暴行他们都会做，所以不应怀疑苏家屯事件……

吴弘达并且质疑消息编造者的意图：“我认为，法轮功学徒有信仰的权利。我坚决支持法轮功坚持他们的信仰，保护自己的权利。但是，他们不能夸大或者颠倒事实。不能将十说成百。这样的做法是不对的。”

……关押6000余人的苏家屯集中营并不存在，4500人规模的活体器官摘除理论上不成立，技术上不可行，……“中共盗摘法轮功学员的器官出口至泰国及其它国家”的报导，完全不可信……因为泰国法律明文禁止器官进口。

……基于以上诸点原因，我对“苏家屯集中营”的报道持怀疑态度。我并且质疑消息编造者的意图。

吴弘达对法轮功提出的批评受到了不解，甚至招致了法轮功媒体的谩骂。将其称为“中共的党魁”。

对于法轮功媒体的谩骂，吴弘达反映如下：

“……这是法轮功一种很简单对中共进行反抗的做法。的确中共的一些做法是很粗暴的，很野蛮的。但是也不是说每一个死刑犯都可以被摘取器官，他还是有相关规定……”