在上文里我談了微進化，同時談到人和黑猩猩有共同祖先（物種進化）的證據。在這裡我想說一說在物種進化過程中新基因的形成。在這裡我要對上文作一點澄清：那兩個影響鳥的嘴型的基因靠的是調控能力上的差異，並不是新出現的基因。 這兩個蛋白的基因本來就存在，只不過不同品種的鳥對這兩個基因的調控有區別。所以這種進化機制並不能解釋在物種進化的過程中新基因如何出現的問題。職老同學的回答很簡單：‘基因是上帝創造的’。相信這一論斷的讀者就不必往下讀了。

科學家有另外的答案。證據比較多的答案之一是gene duplication（基因重複）。基因重複的意思是染色體上添加了一段重複的DNA片斷。這個現象很普遍。通過對重複的基因進行大量的分析，科學家發現有很多重複基因都是假基因（不表達蛋白）。 他們推斷，有一些重複的假基因經過突變會成為具有新功能的新基因。我覺得這個推斷很有道理。我研究一種蛋白叫整合素。果蠅有四個整合素蛋白，而人有26個，所有的整合素都有相似的DNA序列。有趣的是，在人的染色體上整合素基因總是兩個挨在一起。所以很可能其中的一個源於基因重複。這些整合素（包括果蠅的）各有各的特殊功能，可是其最基本的功能是一樣的，說明它們很可能起源於共同的祖先蛋白。

最後對職老同學提到的有關生物體如何適應環境的看法再說兩句。正因為生物體的變化趕不上環境的變化，拉馬克式的變化是不行的。並不是生物體主動地去適應環境，而是環境剔除了不適應的生物體。適應是對一個群體而言，在一個群體裡性狀有數量上的差異（基因的差異加上其他因素，不一定是突變），環境會影響分布。比如一個群體裡毛的多少是正態分布。氣候變冷之後，毛少的被剔除，毛多的存活下來，變成多數。