轟轟烈烈的歐洲宗教改革於1517年10月31日在德國拉開了序幕。在那天，萊比錫大學的神學教授馬丁·路德在維騰貝格宮城教堂門上張貼了著名的“九十五條論綱”，向羅馬教皇的權威提出了公開的挑戰。此後100年間，路德宗、加爾文宗、安立甘宗（英國國教）、再洗禮宗、衛理會等新教宗派層出不窮，英國、瑞典、丹麥、荷蘭、瑞士和大部分德意志諸侯先後投入新教陣營，宗教戰爭的硝煙在歐洲各個角落不停地燃燒着。新教徒們建立了世界上第一個資產階級共和國——荷蘭共和國，在德意志確立了“教隨國定”的原則，在法國也取得了合法地位。到1618年，天主教徒和新教徒形成南北對立之勢，德意志（包括奧地利、捷克、摩拉維亞等）則成為雙方爭奪的主戰場。雙方都不滿足於現在的局面，宗教鬥爭又與大國爭霸的鬥爭混合在一起，於是便導致了規模空前的歐洲宗教戰爭——“三十年戰爭”。

　　在宗教改革中，哈布斯堡王室始終是天主教反改革勢力的急先鋒。哈布斯堡王室在當時兼有神聖羅馬帝國皇帝（奧地利皇帝）、西班牙國王、西西里國王等多個王位，還統治着西屬尼德蘭（比利時）、摩拉維亞、威尼斯、倫巴第等附屬國，並在美洲、亞洲擁有廣闊的殖民地，可以說是半個世界的統治者。哈布斯堡家不僅對新教徒步步進逼，還對天主教的法國形成包圍之勢（西屬尼德蘭、奧地利和西班牙正好形成一個包圍圈）；它不僅想消滅新教改革勢力，還想削弱歐洲其它大國的勢力，成為全世界唯一的霸主。同樣野心勃勃的法國當然容不下哈布斯堡王室，它拋下宗教隔閡，毅然投向新教徒這邊。於是以宗教衝突開始的三十年戰爭，最終演變西歐兩個天主教大國的爭霸。

　　1618年，神聖羅馬帝國皇帝、哈布斯堡王室的斐迪南二世指定他的弟弟、天主教徒斐迪南大公為捷克國王。捷克的新教徒群情激昂，於5月23日發動布拉格起義，推舉新教聯盟首領、普法爾茨選侯弗里德里希為捷克國王，三十年戰爭正式開始。奧地利、西班牙及德意志天主教諸侯組成哈布斯堡聯盟（天主教聯盟），而法國、丹麥、瑞典、荷蘭及德意志新教諸侯也組成了反哈布斯堡同盟（新教聯盟），英國和俄國也站在新教徒這邊。戰爭初期新教聯盟一度連戰連捷，但很快便在1620年的白山戰役中徹底失敗，哈布斯堡王室的天主教徒還是登上了捷克王位。

　　面對嚴峻的局勢，英國、荷蘭、法國共同支持丹麥於1625年進軍德意志，與德國新教諸侯一起大敗哈布斯堡軍，英軍也進占了捷克西部。在關鍵時刻，皇帝斐迪南二世起用德國貴族華倫斯坦為陸軍主帥（其實此時奧地利陸軍已不復存在）。華倫斯坦依靠西屬尼德蘭的經濟援助，在短時間內重建了一支以僱傭軍為主的陸軍，並憑藉高超的指揮藝術先後擊敗英國和丹麥軍隊，甚至殺入丹麥領土，迫使丹麥簽約保證不再干涉德意志事務。哈布斯堡王室不僅解除了危機，還大大擴張了勢力，使新教聯盟的處境更為艱難。但立下大功的華倫斯坦鼓吹由哈布斯堡王室統一德意志，又引起了斐迪南二世的猜疑，很快被“鳥盡弓藏”。

　　華倫斯坦剛下台，新教聯盟又前仆後繼地發起了攻勢。法國首相黎塞留以每年100萬金幣的捐助為代價，引誘瑞典國王古斯塔夫二世於1630年率軍在德意志登陸，聯合薩克森、勃蘭登堡（即後來的普魯士）等新教諸侯直指哈布斯堡王室的心臟。瑞典擁有當時裝備最精良、最訓練有素的陸軍，他們的統帥古斯塔夫更是一個軍事天才。斐迪南二世任命的陸軍統帥蒂利連戰連敗，使天主教聯盟軍遭到毀滅性打擊。於是皇帝只得重新起用古斯塔夫。在1632年的呂岑會戰中，古斯塔夫擊敗華倫斯坦，但他本人卻在戰爭中陣亡，組成一個以瑞典為首的新教陣營的希望也化為泡影。此後華倫斯坦連續擊敗瑞典軍隊，迫使其退往北方；德意志最大的新教諸侯薩克森和勃蘭登堡被迫於1635年簽署《布拉格條約》，屈服於哈布斯堡王室的權威之下。而兩立大功的華倫斯坦卻再次受到猜疑，被皇帝派出的刺客暗殺。

　　戰爭進行了近20年，以哈布斯堡王室掛帥的天主教同盟反而越來越強大，幾個新教大國也先後敗下陣來。如果任局勢如此發展下去，歐洲宗教改革有失敗的危險，德意志可能會被哈布斯堡王室統一，英國、法國也會遭到重創，荷蘭、瑞士、丹麥等新教國家的獨立都很難保證。1639年，斐迪南二世去世，查理即位為神聖羅馬帝國皇帝。法國徹底撕掉中立的面紗，在西班牙、西屬尼德蘭、德意志、意大利等多個方向向哈布斯堡王室發動猛攻。留在德意志北部的瑞典軍隊也重新南進。天主教聯盟終於顯出疲態，西班牙的哈布斯堡王室於1643年敗給法國。此後法國將主力開進德意志南部的士瓦本和巴伐利亞，瑞典軍也進入巴伐利亞。雙方都採取了燒殺搶掠、切斷對方補給線等策略，給德意志人民造成了深重災難。1648年5月，法瑞聯軍又取得重大勝利。曾經一再渡過難關的哈布斯堡王室終於無力再戰，於1648年10月在《威斯特伐利亞和約》上簽字，三十年戰爭終於結束。

　　三十年戰爭確立了新教與天主教的平等地位，並通過法律承認了荷蘭、瑞士兩個新教國家的獨立。法國變得更加強大，哈布斯堡王室的奧地利、西班牙遍體鱗傷，德意志遭到非常嚴重的破壞，瑞典、丹麥爭奪歐洲霸權的努力失敗。經過三十年的大絞殺，新教徒和天主教徒的版圖幾乎沒有任何變化，唯一可以肯定的是：沒有任何一方有能力統治整個歐洲了。當時的新教和天主教一樣嚴酷而不寬容，是三十年戰爭使大家意識到自己無法將意志強加於所有人頭上。宗教寬容和思想自由得到了一定程度的承認，各個教派之間劍拔弩張的局面得到了緩解。但其間也出現了不和諧的音調：1685年，法王路易十四宣布廢除象徵宗教寬容的《南特敕令》，禁止法國新教徒的宗教活動。為了反抗宗教壓迫，許多法國新教徒紛紛出走，法國平白損失了大量精英。但仍有許多新教徒在法國一直堅持到大革命時期，並成為法國革命的主力之一。

　　自三十年戰爭之後，歐洲天主教和新教之間的鬥爭漸漸減少，雖然餘波未絕，卻難改大勢。宗教改革的後續戰場轉移到英國，“清教徒運動”成為17世紀最重大的宗教政治事件。清教徒們堅決要求肅清英國的天主教殘餘，拒絕服從英王欽定的“英國國教”，積極地參與到現代資本主義的工商業中去。他們於1640年發動英國“清教徒革命”，一度建立清教徒的共和國。王朝復辟之後，英王再次迫害清教徒，宣揚天主教思想，出現了“托利黨反動”時期。出於對天主教的共同厭惡，清教徒與英國國教徒聯合於1688年發動了“光榮革命”，迎荷蘭執政威廉為英國國王。此後英國又通過了《權利法案》，限制了國王權利，確保了宗教自由，清教徒在英國的合法地位得到承認。而歐洲大陸的宗教布局，從此也沒有發生明顯的變化。轟轟烈烈的歐洲宗教改革到這裡就全部勝利結束了。

　　歐洲宗教改革還帶來了另一個意想不到的成果：1620年為反抗宗教壓迫而逃往北美的清教徒，在大洋彼岸建立了自己的家園。100多年後，他們震驚了世界，並不斷發展壯大，成為當今世界上最強大的國家，以及世界和平與自由的中流砥柱。