在清華的校史上，有一位校長與北大校史上"大名鼎鼎"的胡適之校長卒於同年，這就是梅貽琦。梅貽琦自1914年由美國吳士脫大學學成歸國，即到清華擔任教學和教務長等多種職務。1931年，梅貽琦出任清華校長，自此後一直到他在台灣去世，一直服務於清華，因此被譽為清華的"終身校長"。不過，不要因此就以為清華的校長是好當的，情形恰恰相反，梅出長校長的時候，國內情勢風雨飄搖，學潮起盪，尤以北大清華為甚。以清華來說，驅逐校長的運動可以說是此起彼伏，但是無論什麼時候，清華的學生們的口號都是"反對***，擁護梅校長"。
梅貽琦為人重實幹，時人稱之為"寡言君子"，有一句話可以作為佐證，他說：為政不在多言，顧力行何如耳。在他的領導下，清華才得以在十年之間從一所頗有名氣但無學術地位的學校一躍而躋身於國內名牌大學之列。
與胡適之相比，梅貽琦顯然沒有"暴得大名"的胡博士那麼風光，他的一生僅僅做成了一件事，那就是成功的出長清華並奠定了清華的校格。據陳岱孫的說法，這主要集中體現在兩個方面：一是師資人才的嚴格遴選和延聘，這是"所謂大學者，非謂有大樓之謂也，有大師之謂也"的具體表現，這句話近年來也常為時賢所徵引；二是推行一種集體領導的民主制度，具體的體現就是成功的建立了由教授會、評議會和校務會議組成的行政體制。不過，歷史自有其可玩味之處，"諸君子名滿天下，謗亦隨之"，獨有梅貽琦在身後贏得"翕然稱之"、"胥無異詞"。清華校史專家黃延復先生在"比較廣泛地材料收集和研究的過程中，一直抱着‘苛求'的心理"，搜尋人們對梅的"異詞"或"謗語"，但卻迄無所獲。這也證明了"翕然稱之"、"胥無異詞"所言不虛。
1948年底，傅作義將軍息兵，共產黨軍政人員開是駐入北京。梅貽琦和當時許多大知識分子一樣，面臨着走還是留的選擇。關於這一點，許多人的記憶並不相同。據梅的學生袁隨善回憶，大概是在1955年，梅貽琦和夫人韓詠華路過香港，主動的跟他說起當時離開的情形："1948年底國民黨給我一個極短的通知，什麼都來不及就被駕上飛機，飛到南京。當時我捨不得也不想離開清華，我想就是共產黨來，對我也不會有什麼，不料這一晃就是幾年，心中總是念念不忘清華。"（袁隨善：《懷念梅貽琦老校長》）不過，在別人的筆下，同一情形卻有另一番描述，梅貽琦離校那天，當時也在清華任教的吳澤霖教授在學校門口碰見梅，吳問梅是不是要走，梅說："我一定走，我的走是為了保護清華的基金。假使我不走，這個基金我就沒有辦法保護起來。"（吳澤霖：《在回憶梅貽琦先生座談會上的講話》）袁和吳的回憶到底誰的更加可靠，我們可以梅的另一位同事葉公超對於梅的評價上做一個判斷，1965年，也就是梅貽琦去世三周年，葉在回憶起梅貽琦的時候評價到："梅先生是個外圓內方的人，不得罪人，避免和人摩擦；但是他不願意作的事，罵他打他他還是不作的。"（葉公超：《憶梅校長》）葉公超是清華當時知名的教授，和梅的接觸比較多，他對於梅貽琦的評價，大致是可信的。從梅貽琦的為人來推測，他是不大可能"什麼也來不及就被駕上飛機"的。
梅貽琦的選擇，是基於他對共產黨的一種判斷，梅雖然沒有作過不利於共產黨的事情，甚至可以說，他當時對於學生運動中的共產黨學生還曾經保護過，但是他那樣做是為了保護學校，從而使學校正常的教學不致受到影響。他不相信馬列主義，也不大讚同當時的共產黨。與諸多當時離開大陸的知識分子相比，梅貽琦的選擇更具有代表性，因為他不存在所謂的人身安全的問題，周恩/來和吳晗都曾經表示希望梅貽琦留下來，這也代表了當時共產黨的態度。但是梅貽琦還是遵從了自己的判斷，聯想到儲安平"自由在國民黨統治下是可大可小，而在共產黨統治下是可有可無"的話，我們可以說梅的判斷和選擇代表了當時自由主義知識分子對於時局的看法。
到了1952年，院系調整開始了，昔日的西南聯大中的南開由私立改為國立，並且大力擴充，北大所有的院系不但得到了保留，而且還接受了當時頗負盛名的燕京大學，獨獨清華在這次院系調整中元氣大傷，僅僅保留了工科院系。梅貽琦在清華建立起來的"教授治校"的民主制度也蕩然無存。此後的第三年，也就是1955年，梅貽琦由美飛台，開始用清華基金會利息籌辦"清華原子科學研究所"，這就是台灣新竹清華大學的前身。
