我已經在‘不同物種有共同祖先－病毒研究提供的證據’一文里回答了職業的第一個問題。在這裡，我的目的不是要提出物種共同祖先的證據，因為這個問題已經沒有什麼可爭論的了。職老的策略是，我只要證明進化論不可行，你就輸了。所以他提出突變不可能使新的物種產生。對新基因的產生機理他也提出了異議。 職老說：‘至於多拷貝基因，一種可能是其需要的表達頻率比較高，或者說用途比較光--其基因產物具有多個功能，通過不同拷貝基因的微調，可以滿足機體需要。’ 對基因重複職老理解得不對。他以為基因重複只不過是基因有很多copies，這樣可以表達得多一些。其實，基因重複（gene duplication)是產生新基因的機理之一。我舉的例子是兩個相鄰的整合素基因，表達的是兩個功能完全不同的蛋白。Duplicate的基因要經過沉默、突變和再利用才能形成新的基因。這新基因和原來的基因不同，就好比新生的嬰兒和他的母親不是同一個人。 基因重複更加典型的例子是homeobox (HOX) gene clusters。HOX cluster首先是在果蠅里發現的。科學家發現有一組基因排列在一起, 其中每一個基因都負責控制一系列的基因的表達，以此控制某一個體節的發育通道。比如其中的一個基因Antp。正常的情況下這個基因在長腿的體節上表達。如果突變使這個基因在長觸鬚的體節上表達，會使觸鬚變成腿。反之，如果突變使這個基因不能表達，腿就會變成觸鬚。 科學家在其他的物種里也發現了相似的HOX cluster。有趣的是，哺乳類動物有四個相似的HOX cluster，其中的基因排列順序和果蠅的HOX基因完全相同！不同的是有的HOX基因有重複現象，也就是說，多出相似的基因，或者有個別的基因消失了：果蠅是ABCDEFGH, 小家鼠是：第一組：ABB’CDEFGHHHH, 第二組：ABB’CDEFGH, 第三組：CDEGHHHHH, 第四組：AB’CGHHHHH。科學家推斷哺乳類的HOX clusters是通過基因重複產生的。雖然在這裡只是推斷，可是基因重複現象通過實驗已經被證實。 HOX基因的功能並不是直接製造腿或者觸鬚，而是一個控制系統，這個控制系統可以用來抑制觸鬚的形成，也可以用來控制其他的體形結構。比如哺乳類有的HOX基因控制頸椎的結構。打個比方，一個電路可以用來照明，也可以用來發動汽車。要看在什麼地方用。在物種進化的過程中也是一樣，同一個信息調控系統可以用在不同的地方，起到不同的作用。所以物種進化並不是簡單的基因突變的產物，而是系統的重複、變化、再利用的過程。在這個過程中系統有穩定性，也有可塑性。 我在前面文章里舉的鳥嘴的例子是微進化的例子。微進化在少數基因突變的情況下是可能發生的。物種進化要複雜得多, 也緩慢得多。