在清华的校史上，有一位校长与北大校史上"大名鼎鼎"的胡适之校长卒于同年，这就是梅贻琦。梅贻琦自1914年由美国吴士脱大学学成归国，即到清华担任教学和教务长等多种职务。1931年，梅贻琦出任清华校长，自此后一直到他在台湾去世，一直服务于清华，因此被誉为清华的"终身校长"。不过，不要因此就以为清华的校长是好当的，情形恰恰相反，梅出长校长的时候，国内情势风雨飘摇，学潮起荡，尤以北大清华为甚。以清华来说，驱逐校长的运动可以说是此起彼伏，但是无论什么时候，清华的学生们的口号都是"反对***，拥护梅校长"。
梅贻琦为人重实干，时人称之为"寡言君子"，有一句话可以作为佐证，他说：为政不在多言，顾力行何如耳。在他的领导下，清华才得以在十年之间从一所颇有名气但无学术地位的学校一跃而跻身于国内名牌大学之列。
与胡适之相比，梅贻琦显然没有"暴得大名"的胡博士那么风光，他的一生仅仅做成了一件事，那就是成功的出长清华并奠定了清华的校格。据陈岱孙的说法，这主要集中体现在两个方面：一是师资人才的严格遴选和延聘，这是"所谓大学者，非谓有大楼之谓也，有大师之谓也"的具体表现，这句话近年来也常为时贤所征引；二是推行一种集体领导的民主制度，具体的体现就是成功的建立了由教授会、评议会和校务会议组成的行政体制。不过，历史自有其可玩味之处，"诸君子名满天下，谤亦随之"，独有梅贻琦在身后赢得"翕然称之"、"胥无异词"。清华校史专家黄延复先生在"比较广泛地材料收集和研究的过程中，一直抱着‘苛求'的心理"，搜寻人们对梅的"异词"或"谤语"，但却迄无所获。这也证明了"翕然称之"、"胥无异词"所言不虚。
1948年底，傅作义将军息兵，共产党军政人员开是驻入北京。梅贻琦和当时许多大知识分子一样，面临着走还是留的选择。关于这一点，许多人的记忆并不相同。据梅的学生袁随善回忆，大概是在1955年，梅贻琦和夫人韩咏华路过香港，主动的跟他说起当时离开的情形："1948年底国民党给我一个极短的通知，什么都来不及就被驾上飞机，飞到南京。当时我舍不得也不想离开清华，我想就是共产党来，对我也不会有什么，不料这一晃就是几年，心中总是念念不忘清华。"（袁随善：《怀念梅贻琦老校长》）不过，在别人的笔下，同一情形却有另一番描述，梅贻琦离校那天，当时也在清华任教的吴泽霖教授在学校门口碰见梅，吴问梅是不是要走，梅说："我一定走，我的走是为了保护清华的基金。假使我不走，这个基金我就没有办法保护起来。"（吴泽霖：《在回忆梅贻琦先生座谈会上的讲话》）袁和吴的回忆到底谁的更加可靠，我们可以梅的另一位同事叶公超对于梅的评价上做一个判断，1965年，也就是梅贻琦去世三周年，叶在回忆起梅贻琦的时候评价到："梅先生是个外圆内方的人，不得罪人，避免和人摩擦；但是他不愿意作的事，骂他打他他还是不作的。"（叶公超：《忆梅校长》）叶公超是清华当时知名的教授，和梅的接触比较多，他对于梅贻琦的评价，大致是可信的。从梅贻琦的为人来推测，他是不大可能"什么也来不及就被驾上飞机"的。
梅贻琦的选择，是基于他对共产党的一种判断，梅虽然没有作过不利于共产党的事情，甚至可以说，他当时对于学生运动中的共产党学生还曾经保护过，但是他那样做是为了保护学校，从而使学校正常的教学不致受到影响。他不相信马列主义，也不大赞同当时的共产党。与诸多当时离开大陆的知识分子相比，梅贻琦的选择更具有代表性，因为他不存在所谓的人身安全的问题，周恩/来和吴晗都曾经表示希望梅贻琦留下来，这也代表了当时共产党的态度。但是梅贻琦还是遵从了自己的判断，联想到储安平"自由在国民党统治下是可大可小，而在共产党统治下是可有可无"的话，我们可以说梅的判断和选择代表了当时自由主义知识分子对于时局的看法。
到了1952年，院系调整开始了，昔日的西南联大中的南开由私立改为国立，并且大力扩充，北大所有的院系不但得到了保留，而且还接受了当时颇负盛名的燕京大学，独独清华在这次院系调整中元气大伤，仅仅保留了工科院系。梅贻琦在清华建立起来的"教授治校"的民主制度也荡然无存。此后的第三年，也就是1955年，梅贻琦由美飞台，开始用清华基金会利息筹办"清华原子科学研究所"，这就是台湾新竹清华大学的前身。
