基因剔除老鼠的坏处就是在老鼠的整个发育过程中，那个被剔除的基因在老鼠的身上的每一个细胞里面都是“一直失活”的。如果这个基因是非常重要的，老鼠往往在胚胎发育的不同时期就死掉了，会大大限制了对这个基因的研究。

比如，有人想知道基因IGF-1对牙齿发育的影响。如果把IGF-1剔除掉，老鼠在胚胎时期就死掉了，那时，牙还没有发育出来。

后来，有人发明了conditional 基因剔除技术，就是让某个基因只在某个特别的组织或器官中失活，而在其他细胞里面是正常表达的。如上例，使IGF-1基因只在牙组织与牙发育有关的组织中失活，而在其他组织和细胞中是正常表达的。

要建立conditional knockout mouse，先建立一种老鼠，采用类似knocktout 的方法，在某个基因的中间插入两段loxP顺序，比如这个loxP是插在内含子里面，所以，不会影响这个基因的正常表达。

然后在建立一种转Cre基因老鼠，这个Cre基因表达是一种重组酶，这个酶会切除掉两个loxP顺序之间的DNA序列。在这个转Cre基因老鼠中，控制Cre基因表达的启动子promoter是某个特别的启动子，比如只在和牙齿发育有关的细胞里面表达。

这两种老鼠很正常，没有异样。

现在让这两种老鼠交配！其后代就有问题了。
这样，在有loxP序列的细胞里面，如果Cre基因表达，那么loxP序列之间的DNA序列就会被切除，那个基因就被knockout了。又因为Cre被特别的启动子控制，不是在所有细胞里面表达，而是只在特定的组织或细胞里面表达，这样，只有特定的组织或细胞，那个特定基因是失活的，而在其他组织或细胞，那个基因是正常的。

这样，就可以研究那个基因对某个特定组织或细胞的“直接”作用，而不用担心间接效应或老鼠致死问题了。