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从特定蛋白功能MOTIF上看基因编码的高度设计化
送交者: 职老 2010年02月19日15:18:19 于 [教育学术] 发送悄悄话

我们在烟酒基因机器功能的时候,发现,每个基因编码的蛋白具有很多的功能性MOTIF。比如梅蛋白具有催化功能区,结合蛋白具有BINDING 区。

这些区域大多在某一类型,也叫做同工基因或者同工基因雅兴上在序列上高度的保守,甚至从人到低等原虫都保守。做蛋白晶体3D SIMULATION的时候,可以把这些区域单独的切下来表达,其结构和原始的野生态很接近,但更容易长成晶体。

最近的一些烟酒表明,在被普遍认为相当低保守的蛋白N端也具有很多这样的功能区,而且很多是ALLOSTERIC的。目前很多大药厂也在猛攻这些ALLOSTERIC的靶点药物,包括梅类和兽体类,嘿嘿。

 

其中一个中药的N端MOTIF就是蛋白磷酸化位点。很有意思的是,我们最近的烟酒发现,一些特定的蛋白鸡梅磷酸化的位点不但是特异的,而且为了获得这些特异的序列,一些基因的亚型甚至可以食用所谓的:超筛选机制SUPERSELECTION 食用DNA编码氨基酸的不对称密码来实现核酸序列的低保守甚至是第一编码核酸的低保守而蛋白序列的完全一致,也就是说:为了获得某些特定的MOTIF来实现某个蛋白鸡梅在某个特定的N端部委,A1和A2两个亚型的基因使用了完全看起来不同的--不是第2和第3密码子突变的机制而是第一密码子突变的机制来特异的获得该MOTIF在氨基酸水平的完全相同,也就是说A1和A2如果做基因的核酸阿来门特的时候,在这段区域绝对的完全低低的保守,甚至不能用密码2-3位的通用性来获得保守,但其氨基酸序列却完全相同。也就是说A1和A2在这些部委的基因外显子看起来完全是不同源的,虽然A1和A2其他部委特别是C端完全的同源和高度的保守。

 

这就说明:A1和A2在这个MOTIF上企图获得同样的被磷酸话功能,而该磷酸话功能对A这个蛋白的功能可能是决定性的。也就是说所谓的基因突变的筛选是:超筛选的,不是随机的,而是对应某种功能的。

 

更绝的是:可以磷酸化这些功能蛋白的蛋白鸡梅本身的编码设计和表达,也是MATCH的,也就是说:二者是可以共同的CO-LOCALIZATION 的,甚至可以通过一些斯盖佛蛋白来实现共存在共工作。

而且,PPase也和她们一起工作,嘿嘿。

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