如果從本體論和方法論角度分析，中醫是以關係、功能、過程為本體，而不是以實體、形態、結構為本體，是以無形的元氣為本體，而不是以有形的原子為本體；中醫採用模型方法、感應綜合方法、類比方法，而不是原型方法、因果分析方法、還原方法。總之中醫學的世界觀、生命觀是眾所周知的整體恆動觀。中醫一開始就將人視為天地人大環境中的一個子系統，將人體本身視為一個有機的整體，看成是與天地自然相感應的小環境、小宇宙。這是符合人體生命實質的。西方將人看成是機器，18世紀法國唯物主義的開創者J.O.拉美特里即明確提出“人是機器”，但人畢竟不能象機器那樣隨意拆卸、組裝，人除了自然屬性、物質屬性（包括器官、細胞、分子等組織結構）外，還有社會屬性、文化屬性、精神心理屬性。中醫在系統把握人的社會、文化、精神心理屬性方面更有其優勢。中醫陰陽五行、髒象經絡學說所採用的整體類比、感應綜合的方法，與因果分析方法相比較，後者在解釋自然、生命中的確定性、穩定性、線性、高同質性、簡單性領域有其優勢，而前者在解釋自然、生命的不確定性、不穩定性、非線性、低同質性、複雜性領域有其優勢。德國著名醫學哲學家滿晰駁博士（Dr.Manfred  Porkert）說：“物質的客體的同質性在基本粒子中品位最高，從它們開始，沿着原子、分子、細胞、原始的和較高的有機體的組織、動物、人……這一方向行進下去……其同質性依將下降。”“同質性與個體的複雜性成反比”，“功能的穩定性與物質的同質性成反比”，“由於物質客體的同質性不斷地減少，基於因果分析的表述最終失去了它的意義。”因此以現代醫學為代表的因果分析的方法的作用“在人類生理學的領域裡顯著削弱了，而且，當涉及到心理的或社會的現象時，它就蛻變成完全不確定的了。”而在這一方面，中醫學的感應綜合的方法則有它的優勢。