1航線控制子系統：有了實時位置和目的港，可算出一個粗略航線。根據天氣和海洋預報，修正粗略航線，避開颱風和巨浪海區，算出一個精確航線。根據精確航線，電腦自動控制船舶的舵改變航向。由於天氣和海洋預報是經常變化的，所以電腦的航線控制子系統需要經常檢查預報。如果預報改變，就要重新算。

2航速控制子系統：航線控制子系統給出了精確航線後，根據航程距離和到港要求時間算出航速。航速控制子系統自動控制螺旋槳轉速來達到要求的航速。

3船舶安全子系統：船舶安全子系統保證船舶風吹浪打時不會翻掉。這系統要時刻採集風速風向，浪高浪向和波長。還要採集各船艙的裝載變化，因為裝載變化會改變船舶重心。重心太高，船就容易翻。燃油艙，飲水艙，污水艙的裝載，都是時刻變化的，因為它們時刻都在用。有了風浪和船艙裝載參數，船舶安全子系統就能評估出船舶安全性。如果安全性不好，船舶安全子系統就會做出改進決策。改進措施通常是調整航向：迎風迎浪船會更安全，橫風橫浪船會更危險。有時也調整航速。調整航速可以改變船舶在海浪里的遭遇頻率，讓它避開船舶固有頻率，以免共振。