甘回民起義是從1862年至1873年在中國陝西、甘肅爆發的一次以回族為首的反清起義。它維持了十年多，波及陝西、甘肅、寧夏、青海和新疆等地區，最後被以湘軍為主的清朝軍隊鎮壓。

1862年，由於漢滿回之間的民族衝突，加上官府的腐敗和欺壓，在陝西的回民趁太平天國和捻軍進入陝西的機會起義反清。其初期的主要領導人有赫明堂、馬生彥、馬振和、白彥虎等。同時在寧夏也爆發了大面積的回民起義，其主要領導人有馬兆元和馬化龍。

在陝西的回軍一開始可以趁清軍忙以對付太平天國的機會在陝西中部立足，但是從1864年開始就被清軍逼迫退守陝甘邊區。

太平天國被消滅後，左宗棠率領湘軍開始對捻軍和回民起義發動進攻。左宗棠首先進攻捻軍，在捻軍被擊破後再進攻位於陝西的回軍，1866年回軍退守甘肅。1869年左宗棠派劉松山進攻寧夏的金積堡，馬化龍父子投降後被殺。

1871年左宗棠進駐甘肅，當地回軍領袖馬占鰲投降，被左宗棠編入清軍。1872年以白彥虎為首的回軍被迫退出青海。1873年退到新疆，最後逃往俄羅斯得脫。陝甘回民起義由此告終。

這場戰爭極大地改變了陝甘兩省的民族分布。在戰爭中，起義回民對陝西、甘肅兩省的漢族人進行屠殺，據《中國人口史》一書的統計，回民起義前的咸豐十一年（1861年），甘肅人口為1945.9萬人，戰後的光緒六年（1880年）人口僅存495.5萬人，人口損失達1455.5萬人。

西北回民對漢族的屠殺，可見甘肅各縣的縣誌。甘肅鎮原縣誌記載：“四鄉堡寨攻陷無遺，而縣城獨全，蓋四鄉之人逃出虎口者，生後入城避難。是月初九日……（回民軍入城）……，全城糜爛，死者不知其數。”據《中國人口史》第五卷統計，回民屠城前鎮原縣人口26.9萬，戰爭損失23.4萬，損失比例為87%。宣統《甘肅新通志》卷47記載同治二年（1863年）八月，回民軍隊“陷平涼城府官……員死節者百餘，士民死者十數萬。”《中國人口史》記載，甘肅涇州四縣，在咸豐十一年（1861年）時有人口92.8萬，戰爭中人口死亡82.2萬，損失88.6%。據該書推算，同治年間平涼府（包括華亭，隆德，平遠，海城，固原）人口損失249.1萬，占戰前人口的88.6%。

西北回民在起義中對漢族的大規模屠殺，是左宗棠及其湘軍在平定回亂後對西北回族展開報復性屠殺的重要原因。戰前陝西省有回民180萬人，在該省人口中占有相當比重，而且絕大部分分布在關中地區。戰後只有西安城內未參加反清的3萬回民得以倖存，其餘回民一部分逃亡，其餘人均已死亡。甘肅省回民在戰爭中的死亡率也相當高，但仍在該省居民中占有一定比例。一部分回民為逃避報復，隨白彥虎逃至俄國，成為今天的東干族。

同一時期，在雲南省也發生了大規模的回民起義。

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