一九四三年，毛在給王明下毒時，還整治了周恩來。毛不滿足於周聽話、忠實，還要再大大恐嚇周一番，使他不敢有絲毫二心。在整風中，毛把周領導的地下黨打成特務集團，周面臨當特務頭子的危險。毛召他從重慶回延安時，他躑躅着不敢回去。毛六月十五日發給他暗帶威脅的電報：“成都、西安兩地望勿耽擱，一則求速，一則避嫌。”周七月份一到延安，毛劈頭給他一頓指責，還甩出一句：“不要身在曹營心在漢！”

周膽戰心驚，馬上在“歡迎”大會上連篇累牘地歌頌毛。十一月政治局會議上，他一連罵了自己五天，說自己“犯了極大的罪過”，是王明的“幫凶”，說自己從前當領導是“篡黨篡政篡軍”，還稱自己“猥瑣”，有“奴性”。他在黨內到處演講，大講他本人和其他領導如何給黨帶來災難，毛又如何從他們手裡挽救了黨。自此，周恩來完全被毛馴服，以後三十多年，直到行將就木，他都是不時自掌嘴巴的毛的理想奴才。

毛最後整治的人是彭德懷。彭在三十年代就反過毛，一九四○年他違背毛的意志打百團大戰。他讓毛惱怒還有別的原因，比方說把“自由民主”看作真正的理想，而不是宣傳的口號。毛曾針對彭的一篇談話，指責他不該“從民主、自由、平等、博愛等的定義出發”，而應該從“政治需要出發”。彭提出奉行“己所不欲，勿施於人 ”的中國傳統宗旨，毛說應該是“己所不欲，要施於人”。毛多年容忍了彭，是看在彭卓越的治軍能力上。（彭領導下的八路軍根據地跟延安很不相同，少有延安那種高壓氣氛，跟老百姓的關係也好得多。）

一九四三年秋，彭奉召回延安。毛一向不搞四面出擊，所以沒有馬上打擊他。彭對延安感到格格不入，對請客吃飯中的浪費看不慣。有次席間端上來一盤海參，他臉一沉，放下筷子算了一筆帳，問主人：“一盤海參要吃掉幾個農民一年的勞動？！”彭還直言不諱地反對毛正在製造的個人崇拜，說“偶像崇拜不對”，不贊成黨章中提以毛澤東思想作指針。一天，剛從監獄裡放出來的年輕黨員李銳因公事找彭，彭問起他的境遇，然後若有所思地說：“光榮的孤立是很難的。”

一九四五年初，輪到彭德懷挨整了。毛召開“華北座談會”，旨在破壞彭的威信與聲望。會上毛的欽定人物一個個朝彭身上潑污水，用彭的話說是“操”了他四十天“娘”。會一直開到日本投降前夕，停下來是因為毛急需能幹的將領打蔣介石。至此，毛已經挨個兒整治了中共領導人中所有曾經反對過他的人，強使他們在不同程度上屈服了。