處方藥也可以分成兩大類，品牌藥（Brand Name Drug）和普通藥（Generic Drug）。品牌藥是指某一製藥公司發現的藥物獲得FDA上市批准之後，原產製藥公司持續生產的持有專利權的藥物。普通藥是指當某種品牌藥的專利保護到期之後，其他非原產製藥公司根據該品牌藥成分研製的替代藥品。在專利保護到期之前，即使該品牌藥品的成分已經公開，其他藥廠也不可以生產這一藥物，這被稱為藥品專營權（Drug Exclusivity）。當專利到期之後，其他廠家開始生產銷售普通藥替代品，此時，該品牌藥和普通藥會在市場上同時銷售以供處方，但是價格會相差數倍之多。大製藥公司的利潤在藥品專利專營期間為最高，因為市場上沒有替代品，他們獨享一定時期的壟斷。專利到期後，普通藥替代品會大大侵蝕品牌藥市場，雖然品牌藥的價格依然昂貴，但銷售量可能大大下降，該品牌藥的利潤也隨之下降。

            Zocor是默克公司（Merck & Co.）研製生產的他汀類降膽固醇藥物，2006年6月專利到期之前，售價大約每粒3美元。專利到期之後，默克公司大幅度減價，到2009年，每粒售價低於2美元，其中有效含量5毫克的片劑每顆在1美元左右。然而這個價格仍然大大高於普通藥替代品。2009年，普通藥Simvastatin作為Zocor的替代品售價僅為10美分一顆，是品牌藥的十分之一。巨大的價格差導致Zocor的銷售額大大減低，影響了其盈利能力。

            在同類的品牌藥與品牌藥、品牌藥與普通藥的競爭中，專利保護起到了關鍵的作用。即使是世界性的大製藥公司，其利潤的大部分也往往依賴少數幾種受專利保護的暢銷藥。因此在專利保護期間，如何把利潤最大化，並且在專利到期之後繼續推出其他享有專利保護的暢銷藥是其長期經營成敗的關鍵。這種不斷推出新藥的壓力是這些研究型的世界性製藥公司持續投資研發的根本原因。藥品的專利保護期為20年，這些專利包括作為新藥主要有效成份的化合物的專利，新藥配方的專利，生產工藝的專利等。其中，最主要的專利是化合物專利，而這個專利一般是在臨床試驗前就申請生效了。由於進行臨床試驗需要好幾年時間，而3期臨床試驗加上申請FDA新藥許可之後，20年專利保護期就剩下7-12年了。在剩下的這幾年時間內，製藥公司必須充分利用，儘可能地把利潤最大化。由於FDA審核申請的時間也是在專利期間內，因此FDA的工作效率對製藥公司的未來盈利時間長短影響很大。

            由於專利對製藥公司的利潤有如此巨大的作用，這些公司挖空心思想方設法延長專利保護的時間。他們對一個藥註冊多個專利，在藥物研製和生產過程的不同時間申請，當藥品主要有效成份化合物專利過期後，製藥公司以其他專利仍然處於保護期內為由，限制普通藥的成產和銷售。有時製藥公司對專利保護到期的化合物作一些細微的改動，再申請20年的專利，然後以新藥進行臨床試驗和申請，並在銷售時宣傳“新藥”相對於專利過期的“舊藥”的優點，仍然售以高價。製藥公司還指責FDA審核新藥申請耗費太多時間，平均一個申請審核需要19個月9，減少了藥品實際專利保護期限，要求特許延長專利保護期，作為補償。1984年國會通過的哈赤-瓦克斯曼法案（Drug Price Competition and Patent Term Restoration Act of 1984，或簡稱Hatch-Waxman Act）對製藥公司在FDA審核期間失去的專利保護時間進行補償，延長專利保護。在新藥獲得批準的60天內，製藥公司可以向美國專利局申請延長，而FDA必須確認新藥審核所耗費的時間。

             研發新藥非常費時，需要投入大量資金，又有很大的失敗的風險，所以有的製藥公司放棄研製新藥，專門生產失去或即將失去專利保護的普通藥替代品，與品牌藥進行價格競爭。有時普通藥公司採取更具有進攻性的手段，對品牌藥的某些專利，特別是次要專利提起訴訟，阻止其專利的延長。目前世界上最大的普通藥企業是以色列的梯瓦製藥公司（Teva Pharmaceuticals Inc.），2008年的銷售總額達到84億美元。梯瓦公司就是前文所說Zocor的普通替代藥Simvastatin的生產商。因為這個原因，研究型的原創製藥公司經常與普通替代藥公司展開全方位的訴訟戰。

             藥物的專利在國際上也是一個爭議的焦點。這個問題我們留到以後討論專利的時候再繼續展開。

             美國的研究型大製藥公司投資研發，開發暢銷藥，依靠專利在少數藥物上收取高價暴利的經營模式在近年內遭遇危機。隨着目前暢銷藥專利期滿的到來，後續新藥的研究卻進展不大，頗有青黃不接之勢，導致其股價紛紛下跌。對此，這些大製藥公司開始一輪新的購併潮，不僅加大了對新型基因科技醫藥公司等新醫藥公司的購併，他們相互之間也加緊了兼併，希望藉此強化競爭優勢，削減開支。