毛泽东对于潘汉年关而不杀，其实是有原因的。

潘汉年对共产党太忠诚了，他当时是受中共中央委派，为八路军新四军能够摆脱1940年到1943年战场上的颓势，与日伪方面能达成默契一致对蒋而去南京（通过李士群、关露等牵线）谈判的。当时日军在华北进行了五次治安强化运动和长城线、冀中千里无人区扫荡，在山东进行了四次铁壁合围，在华中战场加紧了对新四军的清乡，经过三年交战，中共控制区域缩小了百分之五十以上，部队减员百分之三十，大部分根据地设施和经济基础基本被摧毁，平汉铁路、平津铁路连线以东、以北区域的八路军基本被消灭；至1941年秋天，当时中共军队已经无法坚持作战了，至1942年开始逐步消极避战保存实力。这时候日军在东南亚也需要新战线的投入，因此需要将中国关内战场上的兵力从114万人减少到70万人以下；而当时国民党军队的主力并未被歼灭，敌后区域国共两党矛盾日趋激化，新四军就主要面向国民党军作战。


因此，与日本媾和，转而着眼于美苏参战后如何抑制国民党，做好“三国志”文章，确实是毛泽东首先需要考虑的；而日本人也害怕中共军队鱼死网破（毕竟尚有四十多万人），因此双方需要达成一种默契：即日军进攻国民党军队，中共予以配合；中共不干扰日军在华北、华中就地筹粮征税，不骚扰其主要交通线和大据点；日军也不再进攻中共尚存的根据地。事实证明，潘汉年的谈判效果是关键性的，1943年春以后，中共军队和日军除了小规模摩擦作战外，基本不进行千人以上规模的作战，中共军队的主要注意力转为肃清敌后战场的国民党军队，日军和伪军的占领区也异常稳固；1944年日军打通北京到镇南关铁路线作战，八路军还出动358旅王震和新四军第五师李先念部队，配合日军夹击国民党汤恩伯、薛岳部队，即所谓“南征三千里”。


潘汉年基于多年的类似整风运动的经验，害怕毛泽东秋后杀人灭口，干脆先说出来，反倒是保住了一条命，因为毛泽东不敢因此过分得罪李克农等一伙中共情报系统人员，免得他们心灰意懒，对于其权力不利；因此潘汉年“不是没有可杀之罪，而是杀了不利”，被幽闭了二十多年，后来勉强算是善终；而由于这一关键问题，因此其所谓平反被拖延了多年，因为此事太过敏感，不和谐。