第一：科學也有假設，但科學假設是基於我們在現實生活中的經驗。比如歐式幾何五大公理。這不同於宗教。宗教的前提，是沒有生活經驗的。比如說：創世紀裡，有哪一句話符合我們的經驗，或者我們經歷過呢？

第二：建立在科學假設上的結果，是需要事實檢驗的。比如說，愛因斯坦的相對論提出了兩條假設，這兩條假設當然無法驗證，但是它成功了預測了很多物理現象，都比牛頓力學準確。但是宗教的信條，大抵缺乏現實檢驗。比如說因信稱義，我們顯然不可能知道檢驗是不是稱了義，牧師也不可能。

第三：科學假設可以修改，但宗教教條拒絕修改。歐氏幾何和非歐幾何，他們建立在完全相反的兩條假設上，但是可以共存。兩者都沒有把對方說成是異端。但宗教的不同觀點之間，通常無法相容。