第一：科学也有假设，但科学假设是基于我们在现实生活中的经验。比如欧式几何五大公理。这不同于宗教。宗教的前提，是没有生活经验的。比如说：创世纪里，有哪一句话符合我们的经验，或者我们经历过呢？

第二：建立在科学假设上的结果，是需要事实检验的。比如说，爱因斯坦的相对论提出了两条假设，这两条假设当然无法验证，但是它成功了预测了很多物理现象，都比牛顿力学准确。但是宗教的信条，大抵缺乏现实检验。比如说因信称义，我们显然不可能知道检验是不是称了义，牧师也不可能。

第三：科学假设可以修改，但宗教教条拒绝修改。欧氏几何和非欧几何，他们建立在完全相反的两条假设上，但是可以共存。两者都没有把对方说成是异端。但宗教的不同观点之间，通常无法相容。