Beta 類冠狀病毒的 E 蛋白是一個結構蛋白，參與構造病毒的表膜。E 蛋白是完全可以接受氨基酸變異的，這點在 SARS 和蝙蝠冠狀病毒中都被驗證了。然而，從疫情爆發之初分離到的武漢冠狀病毒序列來看，它的 E 蛋白的氨基酸序列與舟山蝙蝠病毒的 E 蛋白序列100%一致（圖 4）。而最近得到的武漢冠狀病毒的序列顯示，在一些新病毒中，E 蛋白已經出現變異了。如圖 4 所示，在 4 月份上傳的某些序列里已經觀察到在四個不同位點的突變。需要說明的一點是，E 蛋白基本不需要和宿主蛋白作用，因此，不存在為了適應新宿主而必須變異的壓力。所以 E 蛋白不但能夠容忍突變，而且它的突變頻率在不同宿主間是基本恆定的。可以說，目前武漢冠狀病毒在經過短短兩個月的人傳人之後，E 蛋白出現變異的現象是符合它本身的特點的。與此對照，兩個遺傳上明顯距離更遠的舟山蝙蝠病毒和武漢冠狀病毒，它們的 E 蛋白卻 100%一致，一個點的變異都沒發生。可以非常肯定地說，這不可能是自然進化的結果。