Beta 类冠状病毒的 E 蛋白是一个结构蛋白，参与构造病毒的表膜。E 蛋白是完全可以接受氨基酸变异的，这点在 SARS 和蝙蝠冠状病毒中都被验证了。然而，从疫情爆发之初分离到的武汉冠状病毒序列来看，它的 E 蛋白的氨基酸序列与舟山蝙蝠病毒的 E 蛋白序列100%一致（图 4）。而最近得到的武汉冠状病毒的序列显示，在一些新病毒中，E 蛋白已经出现变异了。如图 4 所示，在 4 月份上传的某些序列里已经观察到在四个不同位点的突变。需要说明的一点是，E 蛋白基本不需要和宿主蛋白作用，因此，不存在为了适应新宿主而必须变异的压力。所以 E 蛋白不但能够容忍突变，而且它的突变频率在不同宿主间是基本恒定的。可以说，目前武汉冠状病毒在经过短短两个月的人传人之后，E 蛋白出现变异的现象是符合它本身的特点的。与此对照，两个遗传上明显距离更远的舟山蝙蝠病毒和武汉冠状病毒，它们的 E 蛋白却 100%一致，一个点的变异都没发生。可以非常肯定地说，这不可能是自然进化的结果。