中醫中藥既是一個歷史現象，又是一個現實現象。同時，從本質上講，中醫中藥不僅僅是一種醫療“技術”（不是科學），而更是一種文化傳統。對於文化傳統的“革除”（如果有必要的話），那一定是幾代人、幾十年的事情，決不是張教授振臂一呼，衛生部令旗一揮，就一定銷聲匿跡的。正如中國女子裹小腳，雖然1911年就倡導放腳，但只到近100年後的今天，現在在農村地區仍然有不少小腳老太太一樣，不是那麼容易的（裹小腳誠然是陋習，但這樣說，決不以為着西方文明就沒有對婦女的折磨，沒有類似的陋習。例如，現在仍然流行的高跟鞋審美仍然是婦女解放的重大障礙，無論男性女性，甚至都沒有人提出要放棄高跟鞋）。

那麼，要放棄中醫中藥，還是有必要先了解中醫中藥的主要內容。網站上爭論了許多，可以說是熱熱鬧鬧，但卻並沒有人試圖清理下中醫中藥的全部。這裡，筆者試圖作些總結，供討論。
中醫中藥首先是一種人的保健理論，然後才是一種醫療理論。中醫中藥並不象某些人講的那樣，連基本的解剖知識都沒有，只是對於解剖出來的事實有着自己獨特的（也許是落後的）的認識。例如，中醫知道腎臟，但中醫的“腎虛”概念決不是腎中間是空的的意思。同樣，中醫也知道有大腦，但是，對於腦子的功能，則以“神”的概念來代替。如果用現代“科學”的理論，以眼見為實的認識方法來講，確實難以接受這種“名不副實”的理論。但同時，中醫更多的是一種保持健康的理論，是一種養身、養病的理論，而不是一種找“病”和“治”病的理論。中國式的養生論十分複雜，但是，其主幹理論不外乎以下三點：一是把把人看做一個協調運作的系統，二是把人看作與自然和諧一致的元素，三是把新陳代謝和與外界的物質交換看作人的“病態”的主要根源。中醫有自己的理論，但所有理論的基礎則是陰陽五行和相生相剋的哲學。這種哲學是人對自然和人的關係、人對人本身這個系統和自然系統的樸素認識，並不是科學，更大程度上是科學不發達的基礎上的哲學。哲學並不能解決具體問題，但是其方向是否符合理性思考的結果？應該說，中醫的基礎理論在很大程度上符合現在醫學及其他科學研究的方向性的的結論。例如，人作為一個協調運轉的整體性的系統，已經為現代醫學所證實。所謂藥物副作用，事實上是指在藥物發生“正作用”，有效的前提下，對另外一個人體必須的功能造成了傷害，從而成為現代醫學必須盡力避免的重要問題。中國人傳統上所謂的“是藥三分毒”正是在這一理論下得出的正確結論。在例如，人與自然的一體化問題。自然環境對人的健康的影響也已經為現代醫學所證實。對於高山、極地等極端自然條件對人的影響姑且不論，即便是一個人從南方到北方，從東海岸到西海岸，身體也很有可能會出現不適的感覺。現代醫學可以證明說，是由於氣溫、污染、濕度等等，影響了一個人的健康。但是，當這種影響還沒有到了“病”的程度的時候，現代醫學恐怕是束手無策的。這就涉及到中醫第三個理論，把新陳代謝的秩序和與外界的物質交換看成所有不健康或者病態的來源，進而通過調節新陳代謝和物質交換來改善這種狀態。例如常常討論的所謂“上火”。在西醫看來，即便算是症狀（方舟子曾經給過定義），恐怕也到不了用藥的程度，因此，事實上對這樣的不適，西醫是沒有辦法的。而高明的中醫也未必需要用藥，可能只需要開出綠豆湯之類就可以解決這樣的問題。總體來講，作為一種養生的理論，中醫由於其哲學的強大理論力量，因此贏得了不少（包括西方人）的認同，而作為醫療理論，顯然並不成熟、也並不符合現代“科學”的要求。但，在呼籲廢除（如果不是禁止）中醫藥的同時，用科學來衡量一種養生保健理論為主體的理論，是沒有理論的力量的。因為科學主義並非人所認同的唯一主義，也不會、也不可能是唯一的意識形態。要學會尊重大眾意識形態。否則，我們不僅應該廢除中醫中藥，還應該廢除宗教，廢除過年的鞭炮和煙花（因為污染環境），廢除的東西可就太多了。當然，中醫中藥並不是宗教。
中醫中藥其次是一種醫療技術（不是科學）。要廢除中醫者，其主要理論就是中醫中藥害人。包括無法標準化、無法找到有效成分等等。誠然，很多反對者舉例都是有依據的。但是，這樣的例證說服力受到很大局限。原因在於，一是沒有對中醫中藥（作為治療技術）的全面考察，二是把理論和效果混為一談。如果全面考察中醫中藥，應該承認，中醫中藥除了反對者舉的例子之外，還是有許多可以眼見的效果的。例如，在草藥方面，雲南白藥，藿香正氣，華佗再造等等，都是有明顯療效的。特別是雲南白藥，其止血效果有人可以否認嗎？同時，中醫還有正骨推拿。正骨是解決骨折等外科問題，儘管可能在很大的方面不如西醫外科手術效果明顯，但是，骨折的病人經正骨術，康復了，這難道是廢除者可以廢除的嗎？對於經常做辦公室的人來說，中醫推拿更是效果明顯。我們並不否認電療、理療可能實現近似的效果，但是這樣的療效也不是能夠否定的。再比如，針灸。英國對針灸進行了所謂的盲試，結果是認為針灸還是有療效的（可以去查有關報道）。對於穴道，方舟子曾經做過說明，但方舟子誤解了武術的穴道和針灸的穴道。不知道反對中醫者有多少做過針灸，或者起碼做過針。幾寸長的銀針插入人體的穴道，基本不疼，也基本不流血，現代醫學又作何解釋呢？如果真是神經和血管密集的地方，恐怕銀針刺入，人就癱瘓了吧。這麼多例子並不是要否定中醫不標準等等缺陷和問題，關鍵在於，如果有很多人感覺到這一技術有效，那麼，理性地要人放棄，那是十分困難的。同時，包括方舟子在內，都曾指出，中醫中藥是安慰劑。那麼，安慰劑到底作為治療技術，有沒有作用呢？事實上，正是現代醫學證明了，人有很多症狀都是心因性的，而不是病理性的。例如，ED，80%的患者都是心理因素造成的，那麼，能治療的除了現在心理諮詢外，安慰劑是不是有很大作用呢？因此，對於中藥，要做的工作應該是發現其有效的原因（科學地），進一步推進中醫中藥的發展，拋棄其有毒有害的部分。
持廢除中醫藥觀點的人有時對藥物的使用也存在誤解。例如，對於有毒有害物質割裂地看，單獨地看，自然難以理解中醫用藥的技巧。這樣的觀點事實上也缺乏對西醫的了解。例如，方舟子曾經批評過的牛黃解毒丸，還有前段英國複方蘆薈事件等等。事實上，中醫使用很多有效的有毒物質。例如蜂療，例如消化不良時使用的巴豆等等。這些物質都有毒，難道就不能使用在藥物里嗎？而且，現在醫藥研究並不排除毒物在藥物里的使用，例如據報道，上海某教授對使用砒霜治療疾病上的研究。而西藥里的嗎啡、杜冷丁等上癮藥物不仍在使用嗎？只是，任何毒物的使用要有劑量和時間、有針對性。英國按照食品管理複方蘆薈，自然絕對禁止加入任何有毒物質，因此查處該藥，這並沒什麼奇怪的。
總之，中醫中藥不僅僅是草藥湯，它是一種養生和保健的觀點，也是一種在很多情況下有效果（而且價廉）的醫療技術，作為傳統文化，包括中醫藥在內的傳統醫藥不僅僅紮根於中國廣大百姓之中，在世界上不少國家、尤其是享受不起昂貴現代醫藥的發展中國家流傳甚廣，想要廢除，恐非一朝一夕之功。