方舟子的所謂學術打假，主要打擊對象有三個：第一就是抄襲剽竊者，第二就是一稿多投者，第三就是偽造身份者。方舟子的抄襲剽竊，經劉華傑、昏教授、離鄉客、白字秀才等人的證明，現在可以說是鐵證如山了。在最初，方舟子還只是抄襲英文的東西，把人家的東西“編譯”成自己的，打點兒空間差，鑽點兒小空子，結果人家《科學》雜誌也拿他沒有辦法。但是，就在幾周之前，方舟子冒充生物製藥專家撰文，被人揭露文章抄襲自新語絲網友穎河的文章。方舟子抄得性起，連人家的錯誤都照抄“不誤”。這等於偷東西被人家抓住了手腕子，他方舟子嘴巴再大，也只有啞口無言——認栽的份了。從打空間差到打時間差，從抄洋人到抄自己人，可以看出方舟子是膽子越來越大、人越來越懶，德行也越來越無賴了。方舟子真比東南大學校長顧冠群還顧冠群，他簡直就是顧冠群的老祖宗啊！

方舟子是否曾偽造自己的身份？前幾年，國人對他如何養活自己表示不解，他就在國內到處吹噓自己是生物信息學專家，為美國生物信息公司當諮詢顧問。可是人們馬上就發現，他連最基本的生物信息學知識都沒有，哪家“美國生物信息公司”會向他諮詢？從那以後，方舟子的名片上就少了“美國生物信息公司諮詢科學家”這個頭銜。除了冒充“美國生物信息學家”，方舟子還曾冒充“中國科學院教授”到河南大學走穴講課，冒充“學術權威”編造“人49天不吃飯必死無疑” 的“科學原理”，冒充“無所不能專家”“搭院士的車”去雲南考察水利工程，冒充“真科學家”打擊“偽科學”，——方舟子真比被清華開除的那個劉輝還要劉輝，他簡直就是劉輝的N次方呀！

大約一年前，有人指出何祚庥一稿N投，把證據貼到他的菜園子裡，問他為什麼不打這個大假、老假？猜猜方舟子是怎麼說的？他馬上以大腕、權威的身份又製造出了一條“公理”：科普性的文章不僅可以一稿多投，而且應該鼓勵一稿多投。當時人們只是以為方舟子的信口雌黃是為了替何祚庥辯護，並且為自己不打這個老賊開脫，根本就沒有想到他是在給自己開闢退路。其實，這個方舟子早在三四年前就開始一稿多投了。方舟子真比浙江大學的那個褚健還褚健，他簡直就是褚健的真命傳人啊！

本來，方舟子是一個無業游民，有的是時間，寫點科普文章賺兩個小錢，補貼一下老婆的微薄工資，用趙老師的話說，“是一件挺美好的事情”。再說，除了打假和寫科普文章，他還會幹什麼呢？可是，以他的思路之狹窄(最最典型的科學主義信徒)，知識之有限（自己有貨，還會偷人家的東西嗎？），及文筆之生澀（用英文寫作能把他累死，他的中文表達能力，看看他寫的文章就明白了），所以他的科普文章根本就不會有多少讀者。報刊雜誌發他的文章，多數是想要借他因打假而獲得的名聲。可是，方舟子的能力和名聲顯得極不對稱，連寫科普文章都象高齡孕婦生孩子那樣難產。再加上歲數不饒人，人變得越來越懶，於是方舟子只能象何院士一樣，拿自己的文章到處亂撒，誰願意發表就給誰，誰給稿費就讓誰發。方舟子賺錢賺紅了眼，拿自己的殘羹剩飯到《中學生天地》騙取稿費，真想不通他還有點兒羞恥沒有？下一步，方舟子大概要投稿《中國民工報》了。

三毒俱全，一個稍微懂得點兒羞恥的人根本就沒有臉再打別人的什麼假。大家在一起渾水摸魚，豈不皆大歡喜？可我們的方博士大概嫌自己摸到的僅僅是一些臭魚爛蝦，犯了紅眼病，於是就繼續把自己打扮得象純情處女那樣清白端莊，對別人照打不誤。這臉皮之厚，讓人懷疑他的整個腦袋全是皮做的。

方舟子以“美國生物信息公司諮詢科學家”的身份發表的文章：

方舟子。對轉基因食品的恐懼源於無知。科技中國, 2004
http://engine.cqvip.com/content/G/82263A/2004/000/009/GC109_TS2_11197007.pdf

方舟子一稿多投不完全記錄：

方舟子。克隆人, 妖魔還是天使。《科技文萃》, 2002年
方舟子。“克隆人”的恐慌與真相。《科學世界》, 2003年
方舟子。克隆人很恐怖嗎？《中學生天地》, 2006年

方舟子。克隆嬰兒能否誕生? 《科學諮詢》, 2003年
方舟子。第一個克隆人能否順利誕生?《新民周刊》，2002年
方舟子。第一個克隆人能否順利誕生?《出版經濟》, 2006年

方舟子。對轉基因食品的恐懼源於無知。科技中國, 2004
方舟子。轉基因作物恐慌與真相。科學世界, 2003
方舟子。基因時代的恐慌與真相。科技潮，2005

方舟子。為什麼說轉基因食品是安全的？科學世界2005
方舟子。轉基因真的那麼可怕嗎？中學生天地, 2006

方舟子。並不存在的“百慕大魔鬼三角”。報林, 2004
方舟子。“百慕大魔鬼三角”真的存在嗎?中學生天地, 2006

方舟子。植物中的神秘數字。科學世界, 2004
方舟子。神秘數字與植物。中學生天地, 2005

方舟子。美國反腐敗的啟示。環球, 2001
方舟子。美國怎樣反學術腐敗。教學和研究參考, 2001
方舟子。美國反學術腐敗的啟示。當代法學, 2002

方舟子。抹不去的血跡。《東方早報》2004年12月23日。
方舟子。血跡里的秘密。《中國青年報》2007年1月17日。