首先，從教育部文件看，特批是針對招生計劃和投檔，並不是針對志願和錄取，換句話說，拿到特批是可以投檔，但如果要投黃文帝的檔到清華，必須滿足幾個條件：
1.在考生報考志願截至之前拿到特批
2.黃志願中第一志願報清華，或者非第一志願但前面的志願掉檔，但檔案必須先投遞到清華前面的志願，或者志願中沒有清華但服從調配，但必須前面的學校掉檔。志願填報應該沒有允許不填任何志願而直接調配，如果真允許的話，也有個問題，調配志願是按照什麼順序，特批的是不是能優先，還是說按一般情況調配志願的順序,比如學校代碼什麼的，甚至可能是必須在標準計劃之後。
我相信清華告訴了黃同學清華在重慶沒有招生計劃，他們會想辦法爭取。但有個細節是清華老師拿清華大學的公函到重慶教委而被拒絕，這可以算違規未遂但沒有關係因為畢竟沒有發生。我不知道清華老師自己認真看了教育部文件沒有，這也沒有關係。然後清華向教育部申請特批。

問題集中在這裡：
1.清華的招生老師有沒有告訴黃文帝同學他的情況需要教育部特批？ 我們可以看出清華老師本來說不定都不知道要特批，但被教委拒絕後應該知道事態的嚴重性並且研讀了教育部的文件。
2.在重慶市考生報志願結束前,有沒有告訴黃文帝同學現在沒有拿到特批？並且告訴他，如果他沒有填報志願，在報志願結束後，就算有特批也不能參加清華在重慶的錄取？

如果這兩個問題的回答是清華都告訴黃同學了，那麼我認為清華沒有任何責任。但是如果不是，清華只是告訴了清華在重慶沒有招生計劃這個黃已經知道的事實，同時只是籠統告訴黃他們正在想辦法而不是說清楚情況，最重要的一點，在志願報考結束前，還不告訴黃同學沒有拿到特批及後果。那麼清華向黃同學隱瞞了可能風險，讓黃同學做出了錯誤的判斷，具體違不違法就難說了。教育部的規定關於招生計劃的部分清華只能說是嘗試違背，並沒有實際違背。但教育部規定裡面好像還有要求學校向考生詳細說明情況的規定，需要特批，志願截至前沒有拿到特批，這些都是對黃同學這個考生至關重要的信息，如果清華隱瞞了的話，就違背這條規定。

以上如果有不嚴謹的地方，歡迎指正