原文作者 Blackcurtain

一直偷懶。。。

今天開個題目，占些空，慢慢添。

飛機們有比較新的關於進化論的文獻，介紹什麼的歡迎放進來！

希望能給大家介紹些較新的證據進展。讓大家明白進化是證明的事實，進化論是依然在完善的理論，是現代生物學的基礎。

謊言重複千遍就成了真理，JDJ的努力對人群認識的誤導是不容忽視的。我盡我一份力來讓大家了解真相。

進化論的genomic證據　（1）

人類基因組已經被完整的精確測序出來，是一本30億字（鹼基）的書。同樣小鼠的基因組也已經精確的測出來了。比較二者可得出結論，人和鼠，同為哺乳動物，具有共同的祖先。

兩個基因組大概相同的長度。而且他們的蛋白質編碼區的分布是驚人的相似。人類基因很長的一段染色體上的順序可以在鼠的染色體上準確的對應的找到。如果說人的基因在基因組裡序列是A，B，C，你將在鼠的基因組對應的地方找到同樣順序的A，B，C，儘管基因間的序列會有些不同。在一些情形下，這種對應要有很長的一段，比如，所有人17號染色體上的基因都可以在鼠的11號上找到。

這種基因的排列順序對這些基因的功能是沒有什麼影響的，完全沒有什麼必要的理由保持這種特定的基因排列順序。

更有說服力的共同祖先證據是對ARE's (ancient repetitive elements，古老重複片斷）的研究。所謂ARE其實就是由轉座子（transposon)插入產生的.Transposon，前段討論過，就是一種特殊的DNA片斷，是一種跳躍基因，他們能不斷複製自己並把新的複製的序列隨機插入到基因組不同的地方里去（註：這是指retrotransposon, DNA transposon cut themselves out and insert in new location)，並且沒有明確的功能（有人叫他們寄生基因）.現在有可能在正常基因之間的連接段里識別古老的transposon的殘跡。一些這種古老的transposon插入序列和最初的transposon序列上相比積累了很多突變，證明他們在這個地方已經很久了，所以叫這種transposon的殘跡為古老重複片斷，ARE。

如果我們把鼠和人的基因組用對應的蛋白編碼基因序列為參照並列在一起，會發現這些ARE出現在一模一樣的位置上（比如在基因A和B之間）。更有說服力的是在同樣位置上找到不完整（truncated)ARE斷裂在相同的鹼基上（transposon在新位置插入時，經常會插入得不完整，因為種種原因斷裂掉，會在新位置上留下一個不完整的transposon並失去本身功能，比如一個transposon原來完整序列是：AATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCAATTGGCC，插入時斷裂在任意一鹼基處，這樣，在插入點就會留下一條不完整的transposon序列比如：AATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCA）。

發現在同一位置，同樣精確的斷裂在同一鹼基處的ARE，是非常有說服力的證據，鼠和人具有共同祖先。因為靠機會產生這樣在同樣位置，同樣斷裂方式的ARE是不可能的（更別說二個基因組中有很多這樣的同位置同樣的不完整ARE在）。

除非你能接受上帝分別創造了人和鼠，並且專門在同樣位置放置同樣斷裂的ARE以誤導我們，剩下的結論只能是人鼠有共同祖先。

圖和部分文字來自Francis Collins: The Language of God

有JDT　scientist質疑transposon插入隨機性的提法，說transposon是有序列特異性的。本來用隨機是為了針對普通讀者的簡化問題的提法。既然有專業人員質疑，我們就來討論下這問題。

在文獻裡，我們能看到關於transposon隨機和特異的兩種提法，怎麼回事兒？既然特異有序列要求，怎麼還能提隨機呢？Transposon其實是很大的家族，從最簡單的insertion sequence，一種DNA　transposon，基本上是最random的，它可以插入到基因組的任何地方。而一種retrotransposon，比如L1，是有很特異的序列要求的，它的插入點要求有AATTTT的序列，一個endonuclease在基因組DNA上此處切口，才能插入。那麼我們還能說這種插入是隨機的麼？在基因組水平，是的。人的基因組裡，L1有大約50萬個，ALU同樣利用L1　machinery 來插入，有150萬個。也就是說至少有200萬個點是滿足AATTTT序列要求的（別忘了，我們的基因組是有三十億字的大部頭）。

一個不太貼切的比方：對insertion sequence這樣的，好象一張大棋盤上有上億個格子，往上扔棋子，落在任何一個格子都是有效的着陸。對L1這樣有序列要求的，只有落在幾個相鄰格子組成的一個大格子（或者跟簡化，格子是有不同顏色的，只有紅色有效）才是有效着陸，雖然這些大格子（紅格子）數量遠小於總格子數，依然是很可觀的（百萬數量級）。

所以我們才會同時在文獻裡看到隨機（基因組水平）和特異（local水平）兩種提法。

其實事情不完全是這麼簡單，還有accessibility 等問題。但加上transposon插入時的斷裂留下的證據，相同的truncated ARE是無可辯駁的共同祖先的證據。

一個JDT常用的創造論的argument就是鐘錶論:

鐘錶是複雜的, 它是設計的結果. (這裡還見過玻璃杯子的例子)

生命是複雜的, 所以它是設計的結果.

貌似很合理啊, 很有迷惑性. 其實稍微深入一想, 這裡的邏輯錯誤就暴露出來: 這一類比的邏輯錯誤在於, 兩者有一共同的特性就必然有相同的其他(或所有)特性 (Two object sharing one character must share other/all characters).

比方說:

水是流動的. 水是可飲用的.
水銀是流動的, 所以水銀可引用.

電是電子的流動產生的, 電來自於發電廠.
閃電是電子的流動產生的, 閃電來自於發電廠.

這樣的類比我們立刻就能認識到他們的錯誤. 為什麼鐘錶複雜論那麼有迷惑性? 多數人忽視了鐘錶和生命非常根本的區別.因為, 人們對進化原理的不了解, 從而以為複雜的事物只能是設計一個來源. 而不了解通過漫長的地質年代, 生命可以從簡單通過進化和自然選擇可以產生非常複雜的生命體. 因為生命的特點, 它能繁殖, 演化, 積累小變到大變化, 從簡單到複雜. 而鐘錶沒有任何一個零件有這些特性, 只能來源於人的智能設計.

JDJ[註：基督教]的傳播是離不開這些似是而非的誤導人的東西的.