方舟子的所谓学术打假，主要打击对象有三个：第一就是抄袭剽窃者，第二就是一稿多投者，第三就是伪造身份者。方舟子的抄袭剽窃，经刘华杰、昏教授、离乡客、白字秀才等人的证明，现在可以说是铁证如山了。在最初，方舟子还只是抄袭英文的东西，把人家的东西“编译”成自己的，打点儿空间差，钻点儿小空子，结果人家《科学》杂志也拿他没有办法。但是，就在几周之前，方舟子冒充生物制药专家撰文，被人揭露文章抄袭自新语丝网友颖河的文章。方舟子抄得性起，连人家的错误都照抄“不误”。这等于偷东西被人家抓住了手腕子，他方舟子嘴巴再大，也只有哑口无言——认栽的份了。从打空间差到打时间差，从抄洋人到抄自己人，可以看出方舟子是胆子越来越大、人越来越懒，德行也越来越无赖了。方舟子真比东南大学校长顾冠群还顾冠群，他简直就是顾冠群的老祖宗啊！

方舟子是否曾伪造自己的身份？前几年，国人对他如何养活自己表示不解，他就在国内到处吹嘘自己是生物信息学专家，为美国生物信息公司当咨询顾问。可是人们马上就发现，他连最基本的生物信息学知识都没有，哪家“美国生物信息公司”会向他咨询？从那以后，方舟子的名片上就少了“美国生物信息公司咨询科学家”这个头衔。除了冒充“美国生物信息学家”，方舟子还曾冒充“中国科学院教授”到河南大学走穴讲课，冒充“学术权威”编造“人49天不吃饭必死无疑” 的“科学原理”，冒充“无所不能专家”“搭院士的车”去云南考察水利工程，冒充“真科学家”打击“伪科学”，——方舟子真比被清华开除的那个刘辉还要刘辉，他简直就是刘辉的N次方呀！

大约一年前，有人指出何祚庥一稿N投，把证据贴到他的菜园子里，问他为什么不打这个大假、老假？猜猜方舟子是怎么说的？他马上以大腕、权威的身份又制造出了一条“公理”：科普性的文章不仅可以一稿多投，而且应该鼓励一稿多投。当时人们只是以为方舟子的信口雌黄是为了替何祚庥辩护，并且为自己不打这个老贼开脱，根本就没有想到他是在给自己开辟退路。其实，这个方舟子早在三四年前就开始一稿多投了。方舟子真比浙江大学的那个褚健还褚健，他简直就是褚健的真命传人啊！

本来，方舟子是一个无业游民，有的是时间，写点科普文章赚两个小钱，补贴一下老婆的微薄工资，用赵老师的话说，“是一件挺美好的事情”。再说，除了打假和写科普文章，他还会干什么呢？可是，以他的思路之狭窄(最最典型的科学主义信徒)，知识之有限（自己有货，还会偷人家的东西吗？），及文笔之生涩（用英文写作能把他累死，他的中文表达能力，看看他写的文章就明白了），所以他的科普文章根本就不会有多少读者。报刊杂志发他的文章，多数是想要借他因打假而获得的名声。可是，方舟子的能力和名声显得极不对称，连写科普文章都象高龄孕妇生孩子那样难产。再加上岁数不饶人，人变得越来越懒，于是方舟子只能象何院士一样，拿自己的文章到处乱撒，谁愿意发表就给谁，谁给稿费就让谁发。方舟子赚钱赚红了眼，拿自己的残羹剩饭到《中学生天地》骗取稿费，真想不通他还有点儿羞耻没有？下一步，方舟子大概要投稿《中国民工报》了。

三毒俱全，一个稍微懂得点儿羞耻的人根本就没有脸再打别人的什么假。大家在一起浑水摸鱼，岂不皆大欢喜？可我们的方博士大概嫌自己摸到的仅仅是一些臭鱼烂虾，犯了红眼病，于是就继续把自己打扮得象纯情处女那样清白端庄，对别人照打不误。这脸皮之厚，让人怀疑他的整个脑袋全是皮做的。

方舟子以“美国生物信息公司咨询科学家”的身份发表的文章：

方舟子。对转基因食品的恐惧源于无知。科技中国, 2004
http://engine.cqvip.com/content/G/82263A/2004/000/009/GC109_TS2_11197007.pdf

方舟子一稿多投不完全记录：

方舟子。克隆人, 妖魔还是天使。《科技文萃》, 2002年
方舟子。“克隆人”的恐慌与真相。《科学世界》, 2003年
方舟子。克隆人很恐怖吗？《中学生天地》, 2006年

方舟子。克隆婴儿能否诞生? 《科学咨询》, 2003年
方舟子。第一个克隆人能否顺利诞生?《新民周刊》，2002年
方舟子。第一个克隆人能否顺利诞生?《出版经济》, 2006年

方舟子。对转基因食品的恐惧源于无知。科技中国, 2004
方舟子。转基因作物恐慌与真相。科学世界, 2003
方舟子。基因时代的恐慌与真相。科技潮，2005

方舟子。为什么说转基因食品是安全的？科学世界2005
方舟子。转基因真的那么可怕吗？中学生天地, 2006

方舟子。并不存在的“百慕大魔鬼三角”。报林, 2004
方舟子。“百慕大魔鬼三角”真的存在吗?中学生天地, 2006

方舟子。植物中的神秘数字。科学世界, 2004
方舟子。神秘数字与植物。中学生天地, 2005

方舟子。美国反腐败的启示。环球, 2001
方舟子。美国怎样反学术腐败。教学和研究参考, 2001
方舟子。美国反学术腐败的启示。当代法学, 2002

方舟子。抹不去的血迹。《东方早报》2004年12月23日。
方舟子。血迹里的秘密。《中国青年报》2007年1月17日。