首先，从教育部文件看，特批是针对招生计划和投档，并不是针对志愿和录取，换句话说，拿到特批是可以投档，但如果要投黄文帝的档到清华，必须满足几个条件：
1.在考生报考志愿截至之前拿到特批
2.黄志愿中第一志愿报清华，或者非第一志愿但前面的志愿掉档，但档案必须先投递到清华前面的志愿，或者志愿中没有清华但服从调配，但必须前面的学校掉档。志愿填报应该没有允许不填任何志愿而直接调配，如果真允许的话，也有个问题，调配志愿是按照什么顺序，特批的是不是能优先，还是说按一般情况调配志愿的顺序,比如学校代码什么的，甚至可能是必须在标准计划之后。
我相信清华告诉了黄同学清华在重庆没有招生计划，他们会想办法争取。但有个细节是清华老师拿清华大学的公函到重庆教委而被拒绝，这可以算违规未遂但没有关系因为毕竟没有发生。我不知道清华老师自己认真看了教育部文件没有，这也没有关系。然后清华向教育部申请特批。

问题集中在这里：
1.清华的招生老师有没有告诉黄文帝同学他的情况需要教育部特批？ 我们可以看出清华老师本来说不定都不知道要特批，但被教委拒绝后应该知道事态的严重性并且研读了教育部的文件。
2.在重庆市考生报志愿结束前,有没有告诉黄文帝同学现在没有拿到特批？并且告诉他，如果他没有填报志愿，在报志愿结束后，就算有特批也不能参加清华在重庆的录取？

如果这两个问题的回答是清华都告诉黄同学了，那么我认为清华没有任何责任。但是如果不是，清华只是告诉了清华在重庆没有招生计划这个黄已经知道的事实，同时只是笼统告诉黄他们正在想办法而不是说清楚情况，最重要的一点，在志愿报考结束前，还不告诉黄同学没有拿到特批及后果。那么清华向黄同学隐瞒了可能风险，让黄同学做出了错误的判断，具体违不违法就难说了。教育部的规定关于招生计划的部分清华只能说是尝试违背，并没有实际违背。但教育部规定里面好像还有要求学校向考生详细说明情况的规定，需要特批，志愿截至前没有拿到特批，这些都是对黄同学这个考生至关重要的信息，如果清华隐瞒了的话，就违背这条规定。

以上如果有不严谨的地方，欢迎指正