原文作者 Blackcurtain

一直偷懒。。。

今天开个题目，占些空，慢慢添。

飞机们有比较新的关于进化论的文献，介绍什么的欢迎放进来！

希望能给大家介绍些较新的证据进展。让大家明白进化是证明的事实，进化论是依然在完善的理论，是现代生物学的基础。

谎言重复千遍就成了真理，JDJ的努力对人群认识的误导是不容忽视的。我尽我一份力来让大家了解真相。

进化论的genomic证据　（1）

人类基因组已经被完整的精确测序出来，是一本30亿字（碱基）的书。同样小鼠的基因组也已经精确的测出来了。比较二者可得出结论，人和鼠，同为哺乳动物，具有共同的祖先。

两个基因组大概相同的长度。而且他们的蛋白质编码区的分布是惊人的相似。人类基因很长的一段染色体上的顺序可以在鼠的染色体上准确的对应的找到。如果说人的基因在基因组里序列是A，B，C，你将在鼠的基因组对应的地方找到同样顺序的A，B，C，尽管基因间的序列会有些不同。在一些情形下，这种对应要有很长的一段，比如，所有人17号染色体上的基因都可以在鼠的11号上找到。

这种基因的排列顺序对这些基因的功能是没有什么影响的，完全没有什么必要的理由保持这种特定的基因排列顺序。

更有说服力的共同祖先证据是对ARE's (ancient repetitive elements，古老重复片断）的研究。所谓ARE其实就是由转座子（transposon)插入产生的.Transposon，前段讨论过，就是一种特殊的DNA片断，是一种跳跃基因，他们能不断复制自己并把新的复制的序列随机插入到基因组不同的地方里去（注：这是指retrotransposon, DNA transposon cut themselves out and insert in new location)，并且没有明确的功能（有人叫他们寄生基因）.现在有可能在正常基因之间的连接段里识别古老的transposon的残迹。一些这种古老的transposon插入序列和最初的transposon序列上相比积累了很多突变，证明他们在这个地方已经很久了，所以叫这种transposon的残迹为古老重复片断，ARE。

如果我们把鼠和人的基因组用对应的蛋白编码基因序列为参照并列在一起，会发现这些ARE出现在一模一样的位置上（比如在基因A和B之间）。更有说服力的是在同样位置上找到不完整（truncated)ARE断裂在相同的碱基上（transposon在新位置插入时，经常会插入得不完整，因为种种原因断裂掉，会在新位置上留下一个不完整的transposon并失去本身功能，比如一个transposon原来完整序列是：AATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCAATTGGCC，插入时断裂在任意一碱基处，这样，在插入点就会留下一条不完整的transposon序列比如：AATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCAATTGGCCA）。

发现在同一位置，同样精确的断裂在同一碱基处的ARE，是非常有说服力的证据，鼠和人具有共同祖先。因为靠机会产生这样在同样位置，同样断裂方式的ARE是不可能的（更别说二个基因组中有很多这样的同位置同样的不完整ARE在）。

除非你能接受上帝分别创造了人和鼠，并且专门在同样位置放置同样断裂的ARE以误导我们，剩下的结论只能是人鼠有共同祖先。

图和部分文字来自Francis Collins: The Language of God

有JDT　scientist质疑transposon插入随机性的提法，说transposon是有序列特异性的。本来用随机是为了针对普通读者的简化问题的提法。既然有专业人员质疑，我们就来讨论下这问题。

在文献里，我们能看到关于transposon随机和特异的两种提法，怎么回事儿？既然特异有序列要求，怎么还能提随机呢？Transposon其实是很大的家族，从最简单的insertion sequence，一种DNA　transposon，基本上是最random的，它可以插入到基因组的任何地方。而一种retrotransposon，比如L1，是有很特异的序列要求的，它的插入点要求有AATTTT的序列，一个endonuclease在基因组DNA上此处切口，才能插入。那么我们还能说这种插入是随机的么？在基因组水平，是的。人的基因组里，L1有大约50万个，ALU同样利用L1　machinery 来插入，有150万个。也就是说至少有200万个点是满足AATTTT序列要求的（别忘了，我们的基因组是有三十亿字的大部头）。

一个不太贴切的比方：对insertion sequence这样的，好象一张大棋盘上有上亿个格子，往上扔棋子，落在任何一个格子都是有效的着陆。对L1这样有序列要求的，只有落在几个相邻格子组成的一个大格子（或者跟简化，格子是有不同颜色的，只有红色有效）才是有效着陆，虽然这些大格子（红格子）数量远小于总格子数，依然是很可观的（百万数量级）。

所以我们才会同时在文献里看到随机（基因组水平）和特异（local水平）两种提法。

其实事情不完全是这么简单，还有accessibility 等问题。但加上transposon插入时的断裂留下的证据，相同的truncated ARE是无可辩驳的共同祖先的证据。

一个JDT常用的创造论的argument就是钟表论:

钟表是复杂的, 它是设计的结果. (这里还见过玻璃杯子的例子)

生命是复杂的, 所以它是设计的结果.

貌似很合理啊, 很有迷惑性. 其实稍微深入一想, 这里的逻辑错误就暴露出来: 这一类比的逻辑错误在于, 两者有一共同的特性就必然有相同的其他(或所有)特性 (Two object sharing one character must share other/all characters).

比方说:

水是流动的. 水是可饮用的.
水银是流动的, 所以水银可引用.

电是电子的流动产生的, 电来自于发电厂.
闪电是电子的流动产生的, 闪电来自于发电厂.

这样的类比我们立刻就能认识到他们的错误. 为什么钟表复杂论那么有迷惑性? 多数人忽视了钟表和生命非常根本的区别.因为, 人们对进化原理的不了解, 从而以为复杂的事物只能是设计一个来源. 而不了解通过漫长的地质年代, 生命可以从简单通过进化和自然选择可以产生非常复杂的生命体. 因为生命的特点, 它能繁殖, 演化, 积累小变到大变化, 从简单到复杂. 而钟表没有任何一个零件有这些特性, 只能来源于人的智能设计.

JDJ[注：基督教]的传播是离不开这些似是而非的误导人的东西的.